9	117853237	.	C	T	1218.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.591;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=5.1673;MQ=59.15;MQ0=1;MQRankSum=0.202;QD=11.95;ReadPosRankSum=-0.543;VQSLOD=3.9401;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,45:102:99:1249,0,1418
20	19654276	.	C	G	1892.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.804;DP=146;Dels=0.00;FS=3.979;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.286;QD=12.96;ReadPosRankSum=-0.583;VQSLOD=4.7781;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:73,73:146:99:1922,0,1770
1	120612002	.	CGG	C	135.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.184;DP=15;FS=2.363;HRun=4;HaplotypeScore=111.2955;MQ=40.77;MQ0=1;MQRankSum=-1.041;QD=7.97;ReadPosRankSum=-0.674;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,5:15:99:175,0,363
2	120129841	.	A	G	2194.46	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.471;DP=190;Dels=0.00;FS=1.789;HRun=0;HaplotypeScore=3.9954;MQ=59.14;MQ0=1;MQRankSum=0.694;QD=11.55;ReadPosRankSum=-0.971;VQSLOD=5.7569;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:101,89:190:99:2224,0,2524
3	127337927	.	A	G	395.59	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.572;DP=30;Dels=0.00;FS=3.873;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=0.456;QD=13.19;ReadPosRankSum=-0.995;VQSLOD=3.9069;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,15:30:99:426,0,459
11	1018088	.	TG	T	544.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.574;DP=180;DS;FS=49.327;HRun=3;HaplotypeScore=1626.3210;MQ=40.53;MQ0=6;MQRankSum=-6.293;QD=2.21;ReadPosRankSum=1.842;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:188,59:180:99:584,0,5823
7	2515382	.	G	GC	432.79	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=11;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=22.8192;MQ=60.00;MQ0=0;QD=39.34;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,11:11:33.11:475,33,0
14	20295834	.	T	C	6935.41	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.024;DP=238;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.8039;MQ=48.91;MQ0=12;MQRankSum=1.578;QD=29.14;ReadPosRankSum=1.424;VQSLOD=2.9353;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:10,228:238:99:6913,532,0
7	1049749	.	C	A	636.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.077;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.576;QD=12.24;ReadPosRankSum=1.858;VQSLOD=5.7167;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,26:52:99:666,0,629
3	132218621	.	G	A	2997.42	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.714;DP=208;DS;Dels=0.00;FS=0.588;HRun=0;HaplotypeScore=8.1012;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=14.41;ReadPosRankSum=-1.303;VQSLOD=3.5781;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:98,108:208:99:3027,0,2527
5	77425028	.	A	T	1607.68	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.05;MQ0=0;QD=32.81;VQSLOD=9.7331;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,49:49:99:1641,129,0
17	59534904	.	G	C	1685.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.778;DP=147;Dels=0.01;FS=2.169;HRun=1;HaplotypeScore=7.3320;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=1.219;QD=11.39;ReadPosRankSum=-0.268;VQSLOD=3.1300;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,63:147:99:1715,0,2022
8	17611809	.	G	C	2554.50	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.504;DP=227;Dels=0.00;FS=4.549;HRun=0;HaplotypeScore=6.3772;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.721;QD=11.25;ReadPosRankSum=0.770;VQSLOD=2.8872;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:126,101:227:99:2584,0,3688
11	60886423	.	C	T	812.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.700;DP=60;Dels=0.00;FS=1.007;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.401;QD=13.54;ReadPosRankSum=-0.030;VQSLOD=4.8342;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,33:60:99:842,0,575
8	17722223	.	C	T	386.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.741;DP=36;Dels=0.00;FS=3.410;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.271;QD=10.74;ReadPosRankSum=0.621;VQSLOD=4.9110;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,16:36:99:417,0,466
X	135960146	.	G	GAA	595.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.020;DP=59;FS=4.616;HRun=1;HaplotypeScore=203.7148;MQ=49.12;MQ0=3;MQRankSum=-4.196;QD=9.16;ReadPosRankSum=1.292;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,16:59:99:634,0,1854
10	116046066	.	C	T	1490.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.926;DP=120;Dels=0.00;FS=5.652;HRun=0;HaplotypeScore=3.3072;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=1.844;QD=12.42;ReadPosRankSum=-2.175;VQSLOD=2.5045;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,56:120:99:1520,0,1802
14	64687258	.	A	T	1046.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.621;DP=87;Dels=0.00;FS=1.819;HRun=0;HaplotypeScore=3.8814;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=12.03;ReadPosRankSum=-2.568;VQSLOD=3.3177;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,43:87:99:1077,0,1188
11	130780225	.	C	A	1992.18	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=64;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.57;MQ0=0;QD=31.13;VQSLOD=8.1081;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,64:64:99:2025,159,0
21	10942923	.	G	A	854.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.569;DP=130;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.5065;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.484;QD=6.57;ReadPosRankSum=1.108;VQSLOD=3.8780;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:92,38:130:99:885,0,2402
X	1471062	.	G	C	1311.65	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.764;DP=74;Dels=0.00;FS=5.300;HRun=1;HaplotypeScore=1.5774;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=17.72;ReadPosRankSum=-0.941;VQSLOD=3.1431;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,45:74:99:1342,0,794
7	1028376	.	C	T	452.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.482;DP=34;Dels=0.00;FS=3.211;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.577;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.927;VQSLOD=4.4350;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,20:34:99:482,0,357
15	43712823	.	C	T	1425.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.253;DP=120;Dels=0.00;FS=1.478;HRun=2;HaplotypeScore=6.6496;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=11.88;ReadPosRankSum=1.911;VQSLOD=4.5800;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,53:120:99:1455,0,1653
6	29408571	.	G	T	3157.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.376;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.487;HRun=0;HaplotypeScore=1.9936;MQ=59.91;MQ0=0;MQRankSum=0.996;QD=12.63;ReadPosRankSum=1.259;VQSLOD=4.5209;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:134,116:250:99:3187,0,3702
1	145583938	.	C	G	4266.77	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=0.464;HRun=0;HaplotypeScore=1.8646;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=17.20;ReadPosRankSum=0.136;VQSLOD=5.4036;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:120,128:248:99:3631,0,3307
7	138603282	.	T	C	3970.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.850;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.096;HRun=0;HaplotypeScore=6.7336;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=0.293;QD=15.88;ReadPosRankSum=0.045;VQSLOD=4.4312;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:138,112:250:99:3310,0,3581
5	150947891	.	C	G	2565.08	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.287;DP=176;Dels=0.00;FS=1.978;HRun=0;HaplotypeScore=1.9990;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.311;QD=14.57;ReadPosRankSum=-0.856;VQSLOD=5.5966;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:83,93:176:99:2595,0,2424
16	24372717	.	G	A	2008.59	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.545;DP=185;Dels=0.00;FS=12.899;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.289;QD=10.86;ReadPosRankSum=0.641;VQSLOD=2.5366;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:96,89:185:99:2039,0,2343
2	44513202	.	T	C	2247.88	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.160;DP=174;Dels=0.00;FS=4.587;HRun=0;HaplotypeScore=2.7470;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=-1.239;QD=12.92;ReadPosRankSum=-1.407;VQSLOD=3.3963;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:86,88:174:99:2278,0,2307
3	167000256	.	G	C	1622.03	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.634;DP=114;Dels=0.00;FS=1.647;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=2.170;QD=14.23;ReadPosRankSum=0.498;VQSLOD=5.7069;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,62:114:99:1652,0,1404
11	1018093	.	G	GT	647.19	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.268;DP=186;DS;FS=52.174;HRun=1;HaplotypeScore=1680.1075;MQ=41.69;MQ0=4;MQRankSum=-6.998;QD=2.60;ReadPosRankSum=0.880;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:191,58:186:99:686,0,5175
12	51208122	.	C	G	1555.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.785;DP=134;Dels=0.00;FS=3.199;HRun=1;HaplotypeScore=3.8259;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.610;QD=11.61;ReadPosRankSum=1.754;VQSLOD=5.3381;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,58:134:99:1585,0,2120
19	3179884	.	G	T	2245.46	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.016;DP=174;Dels=0.00;FS=5.565;HRun=0;HaplotypeScore=4.6904;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.545;QD=12.90;ReadPosRankSum=-0.267;VQSLOD=4.6791;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:87,86:174:99:2275,0,2091
19	57985702	.	C	A	1312.65	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.135;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.8288;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=-1.764;QD=15.63;ReadPosRankSum=-1.458;VQSLOD=2.8725;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,49:84:99:1343,0,835
11	134128923	.	C	G	1496.42	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.794;DP=126;Dels=0.00;FS=13.121;HRun=0;HaplotypeScore=5.1605;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.598;QD=11.88;ReadPosRankSum=0.069;VQSLOD=3.1296;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,57:126:99:1526,0,1815
17	59761411	.	CTCTT	C	1754.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.940;DP=76;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=349.1594;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=23.09;ReadPosRankSum=0.955;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,38:76:99:1794,0,2237
5	179321458	.	C	T	771.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.879;DP=58;Dels=0.00;FS=4.798;HRun=0;HaplotypeScore=1.9874;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=2.497;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.101;VQSLOD=3.4038;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,28:58:99:802,0,893
16	31391381	.	G	A	1053.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.602;DP=94;Dels=0.00;FS=1.750;HRun=0;HaplotypeScore=1.8490;MQ=58.28;MQ0=0;MQRankSum=1.754;QD=11.21;ReadPosRankSum=-1.167;VQSLOD=3.7410;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,41:94:99:1084,0,1352
5	475104	.	A	G	632.06	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=23;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.99;MQ0=0;QD=27.48;VQSLOD=8.2726;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,23:23:57.16:665,57,0
17	21319230	.	G	C	1174.03	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.532;DP=175;DS;Dels=0.00;FS=6.405;HRun=0;HaplotypeScore=4.8773;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=1.664;QD=6.71;ReadPosRankSum=0.841;VQSLOD=2.5852;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:121,54:175:99:1204,0,3598
9	74300311	.	T	TAA	64.57	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.550;DP=28;FS=0.000;HRun=18;HaplotypeScore=134.1945;MQ=55.52;MQ0=0;MQRankSum=1.300;QD=2.31;ReadPosRankSum=0.000;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,4:28:27.91:104,0,28
22	20043504	.	G	A	749.77	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.892;DP=90;Dels=0.00;FS=0.821;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.183;QD=8.33;ReadPosRankSum=0.268;VQSLOD=4.6492;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,33:90:99:780,0,1517
1	152285076	.	CACTG	C	5043.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.668;DP=243;DS;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1540.1528;MQ=54.87;MQ0=0;MQRankSum=-2.509;QD=20.17;ReadPosRankSum=-0.849;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:137,113:243:99:5043,0,9485
17	66872692	.	A	G	2052.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.110;DP=205;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7824;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=1.721;QD=10.01;ReadPosRankSum=-0.613;VQSLOD=4.4093;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:124,81:205:99:2083,0,3215
2	219561254	.	G	A	1392.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.097;DP=127;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6643;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.648;QD=10.96;ReadPosRankSum=-0.843;VQSLOD=6.4023;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,53:127:99:1422,0,1802
4	79353667	.	G	A	364.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.417;DP=34;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.087;QD=10.73;ReadPosRankSum=0.227;VQSLOD=10.3368;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,14:34:99:395,0,543
19	14877799	.	G	C	560.86	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=25;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=46.34;MQ0=5;QD=22.43;VQSLOD=4.9841;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,25:25:51.12:594,51,0
20	23375624	.	T	C	1242.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.607;DP=112;Dels=0.00;FS=2.700;HRun=0;HaplotypeScore=3.3212;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.903;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.191;VQSLOD=5.3786;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,48:112:99:1273,0,1706
14	74060511	.	T	TTCAA	2271.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.162;DP=127;FS=1.724;HRun=0;HaplotypeScore=854.0808;MQ=53.53;MQ0=0;MQRankSum=-8.270;QD=17.88;ReadPosRankSum=2.186;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:96,31:127:99:2310,0,5560
1	145112485	.	C	T	909.85	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.555;DP=225;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.9273;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=1.886;QD=4.04;ReadPosRankSum=0.337;VQSLOD=3.1768;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:174,51:225:99:940,0,4490
1	144916748	.	C	G	2852.31	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.093;DP=224;DS;Dels=0.00;FS=1.341;HRun=0;HaplotypeScore=8.4428;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-0.254;QD=12.73;ReadPosRankSum=0.283;VQSLOD=3.9623;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:117,107:224:99:2882,0,3480
7	100552094	.	G	C	2658.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.303;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.7982;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.395;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.279;VQSLOD=5.7676;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:152,96:249:99:2688,0,4770
10	116057112	.	C	T	532.08	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.517;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-0.024;QD=9.33;ReadPosRankSum=-0.978;VQSLOD=4.6030;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,24:57:99:562,0,952
1	144931087	.	T	C	994.35	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.561;DP=153;Dels=0.00;FS=4.566;HRun=0;HaplotypeScore=4.9073;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.278;QD=6.50;ReadPosRankSum=-0.319;VQSLOD=3.0228;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:109,43:153:99:1024,0,3180
2	203820453	.	T	C	487.80	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.102;DP=56;Dels=0.00;FS=5.429;HRun=0;HaplotypeScore=3.4885;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.176;QD=8.71;ReadPosRankSum=0.310;VQSLOD=3.1909;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,22:56:99:518,0,876
11	1158092	.	C	G	307.47	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.886;DP=19;Dels=0.00;FS=1.808;HRun=0;HaplotypeScore=1.9916;MQ=56.30;MQ0=0;MQRankSum=1.272;QD=16.18;ReadPosRankSum=0.658;VQSLOD=2.5285;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,13:19:99:337,0,153
12	55886507	.	A	G	1369.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.839;DP=129;Dels=0.00;FS=0.657;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=0.112;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.682;VQSLOD=4.6653;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:73,56:129:99:1399,0,1952
11	99690376	.	C	T	1956.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.493;DP=153;Dels=0.00;FS=2.142;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=12.79;ReadPosRankSum=-1.743;VQSLOD=5.0981;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:71,82:153:99:1987,0,1650
17	72916365	.	C	T	684.26	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.900;DP=54;Dels=0.00;FS=2.577;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.200;QD=12.67;ReadPosRankSum=1.140;VQSLOD=4.8171;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,24:54:99:714,0,786
6	29142317	.	C	T	1721.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.152;DP=121;Dels=0.00;FS=1.586;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.417;QD=14.22;ReadPosRankSum=-0.554;VQSLOD=6.0136;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,70:121:99:1751,0,1181
15	41247859	.	A	T	1289	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.970;DP=114;Dels=0.00;FS=0.768;HRun=1;HaplotypeScore=2.6665;MQ=58.98;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=11.31;ReadPosRankSum=-1.278;VQSLOD=5.2993;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,47:114:99:1319,0,1872
17	21215557	.	G	A	868.35	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.686;DP=73;Dels=0.00;FS=6.387;HRun=0;HaplotypeScore=0.9916;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=-0.127;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.160;VQSLOD=4.4030;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,34:73:99:898,0,1027
6	57246884	.	A	G	1085.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.859;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9933;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=2.152;QD=12.47;ReadPosRankSum=-0.599;VQSLOD=5.0484;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,43:87:99:1115,0,1168
1	32674927	.	T	C	1594.20	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.736;DP=134;Dels=0.00;FS=0.665;HRun=0;HaplotypeScore=4.7569;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.428;QD=11.90;ReadPosRankSum=0.694;VQSLOD=3.9707;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,66:134:99:1624,0,1598
16	320583	.	C	T	52.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.568;QD=5.21;ReadPosRankSum=-0.633;VQSLOD=8.8690;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,4:10:82.04:82,0,169
10	50901917	.	C	A	1481.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.519;DP=148;Dels=0.00;FS=7.708;HRun=2;HaplotypeScore=2.7258;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.685;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.956;VQSLOD=2.6905;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:90,58:148:99:1512,0,2447
10	18828486	.	C	G	1648.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.396;DP=121;Dels=0.00;FS=0.705;HRun=2;HaplotypeScore=2.7554;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.412;VQSLOD=5.4675;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,66:121:99:1678,0,1390
14	21859687	.	G	A	1166.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.834;DP=76;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=1.341;QD=15.35;ReadPosRankSum=-1.708;VQSLOD=5.7518;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,43:76:99:1196,0,837
1	54272121	.	T	C	1252.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.276;DP=91;Dels=0.00;FS=4.109;HRun=1;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.124;QD=13.77;ReadPosRankSum=0.095;VQSLOD=3.7113;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,54:91:99:1283,0,887
1	152281039	.	G	A	2591.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.015;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.922;HRun=0;HaplotypeScore=5.2382;MQ=58.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.387;QD=10.37;ReadPosRankSum=1.441;VQSLOD=3.7913;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:150,99:250:99:2622,0,4399
9	119413896	.	T	C	2104.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.563;DP=159;Dels=0.00;FS=2.105;HRun=0;HaplotypeScore=6.1434;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.404;QD=13.23;ReadPosRankSum=0.128;VQSLOD=3.4926;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:77,81:159:99:2134,0,1993
1	144922583	.	G	A	4051.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.205;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.184;HRun=1;HaplotypeScore=5.4162;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=2.273;QD=16.20;ReadPosRankSum=-1.755;VQSLOD=3.1244;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:135,115:250:99:3358,0,3529
1	167097070	.	G	A	1013.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.539;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.8824;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=0.901;QD=12.36;ReadPosRankSum=0.121;VQSLOD=5.8203;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,39:82:99:1043,0,1021
2	86088333	.	T	C	1726.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.570;DP=128;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9943;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-1.411;QD=13.49;ReadPosRankSum=0.362;VQSLOD=4.0850;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:63,65:128:99:1756,0,1614
8	144620660	.	G	A	2278.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.280;DP=171;Dels=0.00;FS=1.996;HRun=0;HaplotypeScore=7.6919;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.514;QD=13.33;ReadPosRankSum=0.134;VQSLOD=3.1990;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:87,84:171:99:2309,0,2210
18	29782953	.	A	G	419.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.648;DP=33;Dels=0.00;FS=1.500;HRun=0;HaplotypeScore=1.9985;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=12.73;ReadPosRankSum=1.531;VQSLOD=5.4771;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,16:33:99:450,0,427
19	36674413	.	G	A	3957.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.578;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.472;HRun=0;HaplotypeScore=3.6945;MQ=59.55;MQ0=0;MQRankSum=2.471;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.409;VQSLOD=2.4747;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:130,120:250:99:3288,0,3444
2	204001482	.	A	G	2228.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.744;DP=201;Dels=0.00;FS=2.460;HRun=1;HaplotypeScore=2.8729;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.575;QD=11.09;ReadPosRankSum=0.767;VQSLOD=4.7912;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:107,94:201:99:2258,0,2707
19	38056830	.	GA	G	1237.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.318;DP=63;FS=2.122;HRun=1;HaplotypeScore=155.1217;MQ=60.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.131;QD=19.64;ReadPosRankSum=-0.685;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,35:63:99:1276,0,1153
16	24815534	.	A	G	894.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.675;DP=68;Dels=0.00;FS=4.662;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.566;QD=13.16;ReadPosRankSum=-0.924;VQSLOD=4.3499;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,37:68:99:925,0,831
6	44198362	.	T	C	993.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.860;DP=106;Dels=0.00;FS=2.740;HRun=1;HaplotypeScore=6.2784;MQ=56.83;MQ0=0;MQRankSum=2.445;QD=9.37;ReadPosRankSum=0.874;VQSLOD=2.9990;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,40:106:99:1023,0,1490
1	144931330	.	C	T	3112.15	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.408;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.938;HRun=0;HaplotypeScore=6.2612;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=1.306;QD=12.45;ReadPosRankSum=1.077;VQSLOD=3.9739;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:135,115:250:99:3142,0,3881
X	104464281	.	TC	T	964.29	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=33;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=215.1267;MQ=32.03;MQ0=0;QD=29.22;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:4,29:33:84.25:1006,84,0
6	33384473	.	C	T	1539.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.438;DP=120;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.1517;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.411;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.749;VQSLOD=5.1452;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,61:120:99:1570,0,1296
X	2836184	.	C	T	139.93	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.067;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9987;MQ=53.03;MQ0=0;MQRankSum=-1.406;QD=10.00;ReadPosRankSum=-1.936;VQSLOD=3.0502;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:170,0,170
5	16681986	.	C	T	1291.89	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.353;DP=125;Dels=0.00;FS=10.170;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=10.34;ReadPosRankSum=-1.221;VQSLOD=2.6394;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:77,48:125:99:1322,0,2138
10	47087078	.	G	T	2075.97	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.739;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=6.124;HRun=0;HaplotypeScore=7.9719;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=8.30;ReadPosRankSum=1.853;VQSLOD=2.5262;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:168,82:250:99:2106,0,4567
7	123599845	.	A	T	1139.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.946;DP=69;Dels=0.00;FS=6.002;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=1.514;QD=16.52;ReadPosRankSum=0.000;VQSLOD=4.7513;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,43:69:99:1170,0,612
22	22893394	.	A	T	1839.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.244;DP=140;Dels=0.00;FS=0.658;HRun=0;HaplotypeScore=4.4452;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.495;QD=13.14;ReadPosRankSum=-0.477;VQSLOD=5.3120;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:70,67:140:99:1869,0,1981
1	155264120	.	C	G	760.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.718;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9966;MQ=58.47;MQ0=0;MQRankSum=0.840;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.723;VQSLOD=3.8562;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,28:55:99:791,0,832
1	144871755	.	A	T	2288.37	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.639;DP=236;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4750;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=1.281;QD=9.70;ReadPosRankSum=0.838;VQSLOD=5.5218;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:147,89:236:99:2318,0,4059
15	48623812	.	G	A	164.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.633;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.365;QD=16.41;ReadPosRankSum=0.741;VQSLOD=11.5347;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,6:10:99:194,0,120
17	45234406	.	CA	C	1993.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.634;DP=118;FS=7.666;HRun=1;HaplotypeScore=787.9733;MQ=46.20;MQ0=9;MQRankSum=-4.934;QD=13.94;ReadPosRankSum=1.593;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,78:118:99:2033,0,2412
20	57290347	.	C	G	824.35	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=28;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;QD=29.44;VQSLOD=8.3047;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,28:28:69.19:857,69,0
10	47000217	.	G	A	47.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.382;DP=12;Dels=0.00;FS=2.730;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=3.95;ReadPosRankSum=0.000;VQSLOD=2.9995;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:12:77.38:77,0,215
16	30569349	.	C	T	462.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.912;DP=33;Dels=0.00;FS=3.506;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.075;QD=14.01;ReadPosRankSum=1.548;VQSLOD=5.2264;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,19:33:99:492,0,377
1	22160001	.	C	T	933.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.471;DP=72;Dels=0.00;FS=6.518;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=0.812;QD=12.97;ReadPosRankSum=0.329;VQSLOD=4.7444;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,33:72:99:964,0,896
12	110034320	.	G	A	1128.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.901;DP=86;Dels=0.00;FS=9.762;HRun=0;HaplotypeScore=3.9855;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=1.228;QD=13.12;ReadPosRankSum=1.343;VQSLOD=3.6239;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,49:86:99:1159,0,816
8	2037874	.	C	T	1169.47	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.376;DP=85;Dels=0.00;FS=0.838;HRun=0;HaplotypeScore=0.9867;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-0.585;QD=13.76;ReadPosRankSum=-2.317;VQSLOD=4.9267;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,44:85:99:1199,0,1116
15	29346242	.	G	A	1077.42	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.858;DP=107;Dels=0.00;FS=2.850;HRun=0;HaplotypeScore=4.5596;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.747;QD=10.07;ReadPosRankSum=1.706;VQSLOD=4.0803;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,43:107:99:1107,0,1705
6	57393112	.	T	C	30.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.106;DP=11;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.382;QD=2.73;ReadPosRankSum=0.382;VQSLOD=3.8184;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,3:11:60.03:60,0,191
12	8278195	.	G	A	1158.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.547;DP=82;Dels=0.00;FS=0.872;HRun=0;HaplotypeScore=4.7687;MQ=58.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=14.13;ReadPosRankSum=-0.643;VQSLOD=4.9174;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,45:82:99:1188,0,885
19	57326721	.	C	T	1209.42	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.183;DP=78;Dels=0.00;FS=7.019;HRun=0;HaplotypeScore=0.9332;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.705;QD=15.51;ReadPosRankSum=0.185;VQSLOD=4.2195;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,40:78:99:1239,0,1010
16	30680655	.	G	A	268	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.641;DP=21;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=58.81;MQ0=0;MQRankSum=0.317;QD=12.76;ReadPosRankSum=0.387;VQSLOD=6.0303;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,10:21:99:298,0,351
2	220161785	.	G	C	738.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.953;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.4824;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.177;QD=10.86;ReadPosRankSum=-0.781;VQSLOD=3.5054;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,35:68:99:768,0,953
22	47189678	.	C	G	205.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=16;Dels=0.00;FS=2.447;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=0.578;QD=12.83;ReadPosRankSum=-0.683;VQSLOD=5.1513;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:235,0,259
3	48682480	.	C	A	796.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.698;DP=62;Dels=0.00;FS=4.985;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.134;QD=12.85;ReadPosRankSum=1.092;VQSLOD=3.9208;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,32:62:99:827,0,796
10	44053013	.	G	C	7875.74	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.2366;MQ=58.73;MQ0=0;QD=31.63;VQSLOD=7.9468;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,249:249:99:7875,602,0
4	99325652	.	G	C	702.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.405;DP=51;Dels=0.00;FS=2.422;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.122;QD=13.78;ReadPosRankSum=1.498;VQSLOD=4.6337;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,25:51:99:733,0,687
1	152283568	.	T	C	4175.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.546;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=5.382;HRun=0;HaplotypeScore=5.3071;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.306;QD=16.70;ReadPosRankSum=0.345;VQSLOD=3.7797;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:125,124:250:99:3479,0,3420
3	33156020	.	C	G	143.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.339;DP=14;Dels=0.00;FS=5.434;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.663;QD=10.29;ReadPosRankSum=1.524;VQSLOD=3.6556;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:174,0,230
16	320629	.	C	T	211.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.208;DP=16;Dels=0.00;FS=2.081;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.998;QD=13.20;ReadPosRankSum=0.788;VQSLOD=5.6054;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:241,0,188
9	95179071	.	G	A	932.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.606;DP=87;Dels=0.00;FS=1.765;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=0.777;QD=10.72;ReadPosRankSum=-0.399;VQSLOD=5.7871;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,37:87:99:963,0,1437
1	228109247	.	C	T	1262.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.051;DP=95;Dels=0.00;FS=3.836;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=13.29;ReadPosRankSum=0.197;VQSLOD=4.8474;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,48:95:99:1292,0,1225
10	46999484	.	G	T	444.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DP=50;Dels=0.00;FS=3.956;HRun=0;HaplotypeScore=1.5661;MQ=58.31;MQ0=0;MQRankSum=1.059;QD=8.89;ReadPosRankSum=-0.280;VQSLOD=4.5564;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,19:50:99:475,0,914
5	115341638	.	G	C	2878.77	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=96;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.61;MQ0=0;QD=29.99;VQSLOD=9.2024;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,96:96:99:2912,217,0
6	146125793	.	A	T	1282.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.023;DP=118;Dels=0.00;FS=1.478;HRun=1;HaplotypeScore=2.4923;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.747;QD=10.87;ReadPosRankSum=0.022;VQSLOD=5.5636;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,53:118:99:1313,0,1794
15	34649336	.	G	A	1083.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.817;DP=82;Dels=0.00;FS=1.923;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=-1.118;QD=13.22;ReadPosRankSum=1.517;VQSLOD=3.3659;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,42:82:99:1114,0,1120
5	24511490	.	C	T	2495.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.548;DP=204;DS;Dels=0.00;FS=12.043;HRun=0;HaplotypeScore=5.7544;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.170;QD=12.23;ReadPosRankSum=0.329;VQSLOD=2.3118;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:108,96:204:99:2525,0,3031
10	46999178	.	A	C	530.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.447;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9958;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=0.300;QD=12.94;ReadPosRankSum=1.343;VQSLOD=5.1810;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,20:41:99:561,0,543
6	90661242	.	C	T	2379.35	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.577;DP=164;Dels=0.00;FS=7.155;HRun=0;HaplotypeScore=6.6748;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.443;QD=14.51;ReadPosRankSum=-0.302;VQSLOD=2.7907;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:72,90:164:99:2409,0,1808
4	57843114	.	C	G	635.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.010;DP=54;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=2.6573;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.831;QD=11.77;ReadPosRankSum=0.331;VQSLOD=4.8676;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,26:54:99:665,0,592
1	144918957	.	T	A	3014.49	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.002;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.949;HRun=0;HaplotypeScore=4.8350;MQ=57.88;MQ0=0;MQRankSum=-0.638;QD=12.11;ReadPosRankSum=-0.123;VQSLOD=3.8019;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:133,116:249:99:3044,0,3705
10	79616564	.	G	A	613.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.285;DP=59;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.3210;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=-0.583;QD=10.40;ReadPosRankSum=-2.722;VQSLOD=2.5413;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,28:59:99:644,0,765
7	151945071	.	G	GT	2563.68	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-11.045;DP=240;DS;FS=14.776;HRun=1;HaplotypeScore=783.8574;MQ=47.88;MQ0=2;MQRankSum=0.389;QD=10.25;ReadPosRankSum=1.017;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:173,77:240:99:2603,0,4857
14	105418391	.	C	T	8266.85	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.5521;MQ=53.61;MQ0=1;QD=33.07;VQSLOD=3.6970;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,250:250:99:8265,683,0
17	56386383	.	C	CT	730.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.014;DP=137;FS=171.598;HRun=2;HaplotypeScore=494.7743;MQ=59.80;MQ0=0;MQRankSum=4.418;QD=5.33;ReadPosRankSum=-4.329;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:85,48:137:99:770,0,1671
19	39876646	.	A	G	990.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.862;DP=97;Dels=0.00;FS=4.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.654;QD=10.21;ReadPosRankSum=-1.001;VQSLOD=4.2278;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,38:97:99:1020,0,1453
7	100552117	.	G	T	2669.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.778;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.473;HRun=1;HaplotypeScore=5.6541;MQ=58.88;MQ0=0;MQRankSum=0.188;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.697;VQSLOD=4.5392;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:150,100:250:99:2700,0,4793
3	138023785	.	C	T	3017.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=4.472;HRun=0;HaplotypeScore=9.4978;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.068;QD=12.07;ReadPosRankSum=-1.694;VQSLOD=2.2166;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:140,110:250:99:3048,0,3668
12	39726179	.	T	C	3906.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.042;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=7.305;HRun=0;HaplotypeScore=4.0815;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.219;QD=15.69;ReadPosRankSum=-0.536;VQSLOD=3.0418;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:126,123:249:99:3316,0,3181
1	115417175	.	A	G	2234.55	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.688;DP=174;Dels=0.00;FS=2.720;HRun=0;HaplotypeScore=2.7591;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-0.737;QD=12.84;ReadPosRankSum=-0.184;VQSLOD=5.3885;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,89:174:99:2265,0,2010
6	57398186	.	G	GA	1032.35	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.352;DP=238;DS;FS=10.326;HRun=4;HaplotypeScore=1758.4476;MQ=51.89;MQ0=0;MQRankSum=-5.910;QD=4.15;ReadPosRankSum=-1.490;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:204,45:238:99:1071,0,5499
12	49430947	.	T	C	1131.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.084;DP=117;Dels=0.00;FS=0.698;HRun=0;HaplotypeScore=3.4442;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=-1.183;QD=9.67;ReadPosRankSum=-0.097;VQSLOD=5.0249;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,48:117:99:1162,0,1847
X	50121146	.	A	AG	1457.68	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=34;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=76.7914;MQ=60.60;MQ0=0;QD=42.87;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,33:34:99:1500,102,0
10	53458646	.	A	C	437.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.102;DP=30;Dels=0.00;FS=6.429;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=14.60;ReadPosRankSum=1.725;VQSLOD=3.4017;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,16:30:99:468,0,416
11	8414089	.	C	CA	462.51	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.332;DP=158;FS=3.851;HRun=0;HaplotypeScore=618.4830;MQ=53.71;MQ0=0;MQRankSum=-6.826;QD=2.87;ReadPosRankSum=1.051;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:141,20:158:99:502,0,4235
3	44974433	.	A	C	1431.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.423;DP=141;Dels=0.00;FS=3.204;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=10.15;ReadPosRankSum=-0.357;VQSLOD=5.8019;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:82,59:141:99:1461,0,1979
1	145075683	.	C	T	903.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.304;DP=117;Dels=0.00;FS=6.431;HRun=0;HaplotypeScore=2.8905;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.287;QD=7.72;ReadPosRankSum=-0.571;VQSLOD=3.6847;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:77,40:117:99:933,0,2000
14	72055745	.	A	G	1451.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.293;DP=90;Dels=0.00;FS=0.791;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.49;MQ0=0;MQRankSum=-0.475;QD=16.13;ReadPosRankSum=0.556;VQSLOD=4.5142;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,50:90:99:1482,0,1103
20	1298963	.	C	T	1020.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.193;DP=103;Dels=0.00;FS=0.766;HRun=1;HaplotypeScore=1.7262;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=0.084;QD=9.90;ReadPosRankSum=-1.443;VQSLOD=4.5082;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:58,44:103:99:1050,0,1572
21	11029596	.	AC	A	520.75	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.255;DP=76;FS=2.547;HRun=2;HaplotypeScore=350.9240;MQ=50.71;MQ0=1;MQRankSum=2.881;QD=5.72;ReadPosRankSum=-0.395;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:70,21:76:99:560,0,2242
5	149360877	.	T	C	2740.36	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=58.98;MQ0=0;QD=32.62;VQSLOD=9.9976;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,84:84:99:2773,217,0
21	15873026	.	T	C	1772.20	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.728;DP=163;Dels=0.00;FS=6.847;HRun=0;HaplotypeScore=2.1790;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.052;QD=10.87;ReadPosRankSum=-0.005;VQSLOD=4.3456;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:89,74:163:99:1802,0,2333
17	33679559	.	G	A	1990.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.961;DP=190;DS;Dels=0.00;FS=4.688;HRun=0;HaplotypeScore=1.9981;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.931;QD=10.48;ReadPosRankSum=-0.531;VQSLOD=3.9422;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:109,81:190:99:2020,0,3044
4	2200366	.	G	A	2060.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.572;DP=145;Dels=0.00;FS=0.676;HRun=0;HaplotypeScore=5.1357;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.888;QD=14.21;ReadPosRankSum=-1.076;VQSLOD=3.6954;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,78:145:99:2091,0,1668
11	60636698	.	G	A	1248	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.016;DP=98;Dels=0.00;FS=0.805;HRun=1;HaplotypeScore=4.1940;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=1.644;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.210;VQSLOD=3.7378;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,47:98:99:1278,0,1340
11	8414090	.	G	GAACCA	2554.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.320;DP=161;FS=4.617;HRun=0;HaplotypeScore=872.7179;MQ=53.84;MQ0=0;MQRankSum=-7.299;QD=15.57;ReadPosRankSum=-0.103;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:144,20:161:99:2593,0,7022
19	501738	.	C	A	147.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.639;DP=18;Dels=0.00;FS=1.913;HRun=0;HaplotypeScore=2.7317;MQ=57.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=8.17;ReadPosRankSum=1.826;VQSLOD=3.2790;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,6:18:99:177,0,293
15	50189566	.	A	G	1685.41	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.009;DP=205;Dels=0.00;FS=1.138;HRun=0;HaplotypeScore=8.5349;MQ=58.38;MQ0=1;MQRankSum=1.551;QD=8.22;ReadPosRankSum=-0.426;VQSLOD=2.9246;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:127,78:205:99:1715,0,3178
1	16260606	.	G	A	2893.81	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.310;DP=190;Dels=0.00;FS=0.541;HRun=0;HaplotypeScore=4.9852;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=0.131;QD=15.23;ReadPosRankSum=-1.425;VQSLOD=3.5290;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,106:190:99:2924,0,1998
1	16464653	.	G	C	916.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.252;DP=60;Dels=0.00;FS=3.607;HRun=0;HaplotypeScore=4.8923;MQ=57.96;MQ0=0;MQRankSum=0.160;QD=15.27;ReadPosRankSum=1.443;VQSLOD=2.7532;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,33:60:99:946,0,688
18	29412105	.	A	C	1079.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.632;DP=104;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.1512;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.056;QD=10.38;ReadPosRankSum=0.353;VQSLOD=3.8673;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,51:104:99:1110,0,1192
5	137522945	.	C	T	583.20	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.258;DP=81;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9894;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=1.084;QD=7.20;ReadPosRankSum=-0.026;VQSLOD=5.8911;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,26:81:99:613,0,1613
13	52542680	.	A	G	1352.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.159;DP=109;Dels=0.00;FS=1.559;HRun=1;HaplotypeScore=6.4142;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.364;QD=12.41;ReadPosRankSum=0.006;VQSLOD=3.2632;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,49:109:99:1382,0,1519
3	113729786	.	CG	C	4317.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=10.892;DP=249;FS=2.252;HRun=2;HaplotypeScore=616.5618;MQ=60.24;MQ0=0;MQRankSum=1.453;QD=17.34;ReadPosRankSum=0.923;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:118,131:249:99:4317,0,4123
16	57201066	.	T	A	1540.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=128;Dels=0.00;FS=0.728;HRun=1;HaplotypeScore=5.6032;MQ=57.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.778;QD=12.03;ReadPosRankSum=-0.285;VQSLOD=2.8477;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:70,58:128:99:1570,0,1953
1	144879375	.	T	C	4049.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.744;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.486;HRun=0;HaplotypeScore=5.2355;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=-0.327;QD=16.20;ReadPosRankSum=-1.625;VQSLOD=3.9524;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:127,122:250:99:3369,0,3642
9	131696121	.	G	A	2239.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.252;DP=178;Dels=0.00;FS=1.181;HRun=0;HaplotypeScore=1.8893;MQ=59.06;MQ0=0;MQRankSum=-1.251;QD=12.58;ReadPosRankSum=3.165;VQSLOD=2.8443;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:89,89:178:99:2270,0,2210
X	129150143	.	T	C	132.15	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.101;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.660;QD=7.77;ReadPosRankSum=1.093;VQSLOD=4.0111;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:162,0,135
8	142506436	.	C	T	797	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.417;DP=65;Dels=0.00;FS=2.332;HRun=0;HaplotypeScore=1.8928;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=-0.497;QD=12.26;ReadPosRankSum=1.292;VQSLOD=5.6786;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,28:65:99:827,0,1043
17	3916824	.	C	T	1366.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.817;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2131;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=0.612;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.003;VQSLOD=3.9898;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,58:119:99:1397,0,1715
12	57569339	.	G	A	1514.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DP=127;Dels=0.00;FS=5.446;HRun=0;HaplotypeScore=2.5494;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.217;QD=11.92;ReadPosRankSum=-1.078;VQSLOD=4.6216;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:72,55:127:99:1544,0,1952
6	29691582	.	C	A	515.96	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=28;Dels=0.00;FS=3.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.240;QD=18.43;ReadPosRankSum=0.539;VQSLOD=3.8765;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:11,17:28:99:546,0,211
10	99968670	.	A	G	1789.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.066;DP=125;Dels=0.00;FS=0.683;HRun=0;HaplotypeScore=3.5350;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=0.615;QD=14.32;ReadPosRankSum=0.269;VQSLOD=5.6537;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,63:125:99:1820,0,1553
3	140409837	.	G	A	1393.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.968;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.468;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.019;VQSLOD=5.6392;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,52:95:99:1423,0,994
12	4737404	.	C	T	1674.19	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.582;DP=157;Dels=0.00;FS=8.798;HRun=1;HaplotypeScore=3.9114;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.051;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.982;VQSLOD=3.2011;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:90,67:157:99:1704,0,2472
1	144879090	.	T	C	1272.74	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.582;DP=217;DS;Dels=0.00;FS=1.372;HRun=0;HaplotypeScore=2.7220;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.725;QD=5.87;ReadPosRankSum=-0.344;VQSLOD=4.4363;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:161,56:217:99:1303,0,5068
19	501743	.	T	C	191.81	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.468;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HRun=1;HaplotypeScore=2.7317;MQ=57.34;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=11.99;ReadPosRankSum=1.523;VQSLOD=3.6028;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:222,0,180
11	22271870	.	A	T	903.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.598;DP=77;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=0.148;QD=11.74;ReadPosRankSum=-0.138;VQSLOD=6.9823;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,36:77:99:934,0,1008
22	50885800	.	G	A	2025.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.879;DP=172;Dels=0.00;FS=2.729;HRun=0;HaplotypeScore=8.1830;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.818;QD=11.77;ReadPosRankSum=-1.612;VQSLOD=2.6444;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:93,78:172:99:2055,0,2147
11	78433753	.	T	C	2285.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.766;DP=176;Dels=0.00;FS=2.081;HRun=2;HaplotypeScore=2.4303;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.960;QD=12.99;ReadPosRankSum=0.846;VQSLOD=4.6023;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:90,86:176:99:2315,0,2300
2	27461368	.	T	C	1569.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.818;DP=148;Dels=0.00;FS=1.336;HRun=0;HaplotypeScore=3.4391;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=-0.502;QD=10.61;ReadPosRankSum=-0.030;VQSLOD=4.4950;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:87,60:148:99:1600,0,2339
4	62758491	.	G	A	2243.74	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.875;DP=155;Dels=0.00;FS=0.657;HRun=0;HaplotypeScore=4.8748;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.710;QD=14.48;ReadPosRankSum=-0.243;VQSLOD=4.0100;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,79:155:99:2274,0,1981
16	74425548	.	A	G	8223.70	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6594;MQ=57.03;MQ0=0;QD=33.43;VQSLOD=5.4500;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,245:246:99:8223,653,0
3	138668457	.	CGGCATTCGAA	C	1793.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.383;DP=106;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=867.4403;MQ=52.99;MQ0=0;MQRankSum=-6.445;QD=16.76;ReadPosRankSum=1.204;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,23:106:99:1833,0,10900
1	32207720	.	G	A	654.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.686;DP=56;Dels=0.00;FS=1.451;HRun=0;HaplotypeScore=2.9141;MQ=57.83;MQ0=0;MQRankSum=1.363;QD=11.68;ReadPosRankSum=1.304;VQSLOD=3.3082;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,28:56:99:684,0,651
12	10587111	.	A	G	3452.39	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=125;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=48.07;MQ0=2;QD=27.62;VQSLOD=3.2646;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,125:125:99:3452,262,0
8	100994274	.	A	G	2356.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.601;DP=153;DS;Dels=0.00;FS=3.260;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.649;QD=15.40;ReadPosRankSum=-0.196;VQSLOD=4.5416;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:72,81:153:99:2386,0,1942
11	104878040	.	G	GT	562.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.982;DP=74;FS=1.047;HRun=10;HaplotypeScore=194.2523;MQ=59.81;MQ0=1;MQRankSum=0.383;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.543;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,27:74:99:602,0,528
21	46020655	.	CCTGCTGCGCCCCCAG	C	2249.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.254;DP=41;FS=3.665;HRun=0;HaplotypeScore=623.9041;MQ=17.05;MQ0=99;MQRankSum=2.154;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.351;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:122,28:41:99:2288,0,362
12	116457069	.	C	T	1594.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.893;DP=126;Dels=0.00;FS=2.676;HRun=0;HaplotypeScore=6.8552;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.108;QD=12.66;ReadPosRankSum=0.238;VQSLOD=3.2592;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,64:126:99:1625,0,1603
4	57839405	.	T	C	3202.46	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.239;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=2.885;HRun=0;HaplotypeScore=4.5348;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=2.578;QD=13.40;ReadPosRankSum=0.360;VQSLOD=3.0816;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:117,122:239:99:3232,0,2985
11	78449583	.	G	A	1019.98	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.715;DP=93;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.13;MQ0=0;MQRankSum=1.789;QD=10.97;ReadPosRankSum=-2.510;VQSLOD=4.7779;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,40:93:99:1050,0,1359
1	161130701	.	C	T	766.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.478;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5946;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=11.79;ReadPosRankSum=0.400;VQSLOD=6.6266;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,33:65:99:796,0,987
15	80855492	.	T	A	3963.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.622;DP=224;DS;Dels=0.00;FS=3.236;HRun=0;HaplotypeScore=5.1080;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=0.558;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.225;VQSLOD=3.0957;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:109,115:224:99:3340,0,3006
2	86317012	.	C	G	793.60	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.014;DP=76;Dels=0.00;FS=4.208;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.175;QD=10.44;ReadPosRankSum=-0.165;VQSLOD=4.3866;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,30:76:99:824,0,1206
12	124856830	.	C	T	788.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.543;DP=70;Dels=0.00;FS=0.977;HRun=1;HaplotypeScore=1.9318;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.124;QD=11.27;ReadPosRankSum=-1.515;VQSLOD=3.1148;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,32:70:99:819,0,979
8	21996199	.	G	A	1121.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.040;DP=72;Dels=0.00;FS=7.017;HRun=0;HaplotypeScore=1.7880;MQ=59.10;MQ0=0;MQRankSum=-0.185;QD=15.57;ReadPosRankSum=2.596;VQSLOD=3.2652;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,45:72:99:1151,0,619
20	43723573	.	C	T	2523.74	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.832;DP=195;Dels=0.00;FS=7.356;HRun=0;HaplotypeScore=7.4651;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=-0.040;QD=12.94;ReadPosRankSum=-0.290;VQSLOD=2.8688;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:100,95:195:99:2554,0,2633
14	24030824	.	A	AT	1101.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.137;DP=93;FS=5.748;HRun=6;HaplotypeScore=231.5748;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=11.85;ReadPosRankSum=1.068;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,37:93:99:1141,0,1195
13	41814531	.	C	T	1378.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.984;DP=100;Dels=0.00;FS=1.725;HRun=0;HaplotypeScore=1.9736;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.859;QD=13.78;ReadPosRankSum=-0.107;VQSLOD=5.0603;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,52:100:99:1408,0,1241
14	64954410	.	G	A	4626.75	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.195;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.866;HRun=1;HaplotypeScore=4.6490;MQ=59.63;MQ0=0;MQRankSum=0.942;QD=18.51;ReadPosRankSum=0.578;VQSLOD=3.0731;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:113,137:250:99:3949,0,3204
16	15729650	.	C	T	1236.76	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.236;DP=109;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=1.377;QD=11.35;ReadPosRankSum=-1.058;VQSLOD=4.7372;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:63,46:109:99:1267,0,1683
9	112969744	.	AT	A	1899	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.954;DP=107;DS;FS=0.928;HRun=1;HaplotypeScore=280.6207;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.758;QD=17.75;ReadPosRankSum=0.120;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,54:107:99:1938,0,2081
4	86034	.	TC	T	384.25	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=12;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=321.9773;MQ=29.00;MQ0=0;QD=32.02;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,12:12:36.10:426,36,0
19	4954679	.	G	GC	533.64	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=24.3986;MQ=43.18;MQ0=1;QD=31.39;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,16:13:39.13:576,39,0
1	40562894	.	C	A	517.80	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.066;DP=47;Dels=0.00;FS=3.006;HRun=1;HaplotypeScore=3.0588;MQ=57.70;MQ0=0;MQRankSum=0.398;QD=11.02;ReadPosRankSum=-0.398;VQSLOD=3.3370;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,20:47:99:548,0,833
6	29408600	.	G	T	2962.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.995;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=2.968;HRun=1;HaplotypeScore=8.1440;MQ=59.89;MQ0=0;MQRankSum=1.495;QD=12.09;ReadPosRankSum=-1.563;VQSLOD=3.1467;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:131,113:245:99:2992,0,3829
6	56497826	.	T	C	938.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.042;DP=88;Dels=0.00;FS=2.837;HRun=0;HaplotypeScore=2.7321;MQ=59.48;MQ0=0;MQRankSum=0.105;QD=10.66;ReadPosRankSum=0.737;VQSLOD=4.7001;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,38:88:99:968,0,1333
6	136597288	.	A	C	1745.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.613;DP=123;Dels=0.00;FS=0.682;HRun=0;HaplotypeScore=1.8924;MQ=57.53;MQ0=0;MQRankSum=0.423;QD=14.19;ReadPosRankSum=-0.362;VQSLOD=4.1586;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:58,65:123:99:1775,0,1622
4	123207867	.	T	G	1853.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.955;DP=130;Dels=0.00;FS=0.701;HRun=2;HaplotypeScore=1.9861;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=0.530;QD=14.26;ReadPosRankSum=-1.623;VQSLOD=5.5426;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,73:130:99:1883,0,1504
20	36842049	.	G	A	470.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.215;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.074;QD=16.21;ReadPosRankSum=0.110;VQSLOD=10.5945;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,16:29:99:500,0,329
11	1262189	.	C	T	471.68	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.707;DP=34;Dels=0.00;FS=1.376;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-1.190;QD=13.87;ReadPosRankSum=1.294;VQSLOD=5.9327;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,18:34:99:502,0,403
4	87313	.	G	GA	3168.54	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=76;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=329.8838;MQ=59.93;MQ0=0;QD=41.69;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:2,74:76:99:3211,220,0
11	6023762	.	C	T	1183.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.108;DP=83;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.2645;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=0.111;QD=14.26;ReadPosRankSum=-0.669;VQSLOD=5.8891;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,43:83:99:1213,0,1053
2	109414936	.	G	T	877.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.756;DP=65;Dels=0.00;FS=8.863;HRun=6;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=13.50;ReadPosRankSum=1.080;VQSLOD=3.0899;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,37:65:99:908,0,781
11	118939939	.	T	TC	9629.55	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=237;DS;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=492.0123;MQ=60.63;MQ0=0;QD=40.63;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:10,227:237:99:9630,677,0
1	231398511	.	A	T	1299.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.007;DP=116;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.8151;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.853;QD=11.20;ReadPosRankSum=0.471;VQSLOD=3.7860;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:66,50:116:99:1329,0,1816
13	42875089	.	C	T	1478.76	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.214;DP=121;Dels=0.00;FS=7.084;HRun=1;HaplotypeScore=2.5677;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=-0.047;QD=12.22;ReadPosRankSum=-0.316;VQSLOD=4.8183;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,55:121:99:1509,0,1677
20	33872215	.	C	A	3180.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.608;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.011;HRun=1;HaplotypeScore=9.0385;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=12.72;ReadPosRankSum=0.566;VQSLOD=4.3459;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:128,122:250:99:3210,0,3647
1	57395228	.	G	A	1062.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.765;DP=85;Dels=0.00;FS=4.328;HRun=0;HaplotypeScore=0.9665;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=-1.114;QD=12.49;ReadPosRankSum=1.730;VQSLOD=4.8496;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,45:85:99:1092,0,996
6	57244780	.	G	A	145.35	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.340;DP=15;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.772;QD=9.69;ReadPosRankSum=-1.220;VQSLOD=10.2136;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,8:15:99:175,0,162
17	33430313	.	T	C	308.26	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.593;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.109;QD=10.63;ReadPosRankSum=-0.633;VQSLOD=11.0557;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,14:29:99:338,0,476
7	44578740	.	C	G	1729.09	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.965;DP=132;Dels=0.00;FS=8.840;HRun=1;HaplotypeScore=2.5160;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=-1.116;QD=13.10;ReadPosRankSum=1.804;VQSLOD=2.3775;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,70:132:99:1759,0,1739
9	95237024	.	CTCA	C	848.03	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.409;DP=72;FS=1.264;HRun=0;HaplotypeScore=337.9932;MQ=60.26;MQ0=0;MQRankSum=0.666;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.241;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,26:72:99:887,0,443
1	65099841	.	A	G	1321.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.924;DP=101;Dels=0.00;FS=1.597;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-1.433;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.603;VQSLOD=3.6255;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,47:101:99:1351,0,1492
6	136597281	.	A	T	1663.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.713;DP=125;Dels=0.00;FS=3.335;HRun=0;HaplotypeScore=1.8675;MQ=57.43;MQ0=0;MQRankSum=1.443;QD=13.30;ReadPosRankSum=1.038;VQSLOD=3.8511;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,64:125:99:1693,0,1753
4	83785582	.	T	C	1090.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.147;DP=75;Dels=0.00;FS=4.674;HRun=0;HaplotypeScore=0.9734;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=0.345;QD=14.55;ReadPosRankSum=1.089;VQSLOD=4.3406;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,40:75:99:1121,0,866
5	149219653	.	G	A	579.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.059;DP=65;Dels=0.00;FS=1.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7480;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.237;QD=8.92;ReadPosRankSum=-0.977;VQSLOD=4.0860;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,26:65:99:610,0,919
10	97917556	.	G	C	1371.31	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.842;DP=118;Dels=0.00;FS=3.404;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.12;MQ0=0;MQRankSum=-0.797;QD=11.62;ReadPosRankSum=-0.019;VQSLOD=5.8699;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,54:118:99:1401,0,1777
7	69064806	.	A	G	387.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.727;DP=24;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.5784;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=1.435;QD=16.17;ReadPosRankSum=-1.376;VQSLOD=4.9960;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,14:24:99:418,0,267
1	17266536	.	G	C	252.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.832;DP=42;Dels=0.00;FS=1.574;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=0.715;QD=6.00;ReadPosRankSum=-1.030;VQSLOD=3.3778;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,11:42:99:282,0,903
1	155206037	.	G	A	447.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.385;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.258;QD=11.77;ReadPosRankSum=-0.866;VQSLOD=6.1293;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,18:38:99:477,0,514
11	123810492	.	A	C	1911.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.393;DP=143;Dels=0.00;FS=3.075;HRun=1;HaplotypeScore=9.4297;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.398;QD=13.27;ReadPosRankSum=0.539;VQSLOD=4.0903;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:73,70:143:99:1941,0,1962
15	41339697	.	T	C	375.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.261;DP=34;Dels=0.00;FS=1.317;HRun=0;HaplotypeScore=0.9993;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.742;QD=11.05;ReadPosRankSum=3.157;VQSLOD=4.4396;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,16:34:99:406,0,459
17	29161517	.	G	A	2878.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.678;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=4.4122;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-1.182;QD=11.56;ReadPosRankSum=-2.415;VQSLOD=2.6976;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:136,112:249:99:2909,0,3276
4	187205402	.	A	G	523.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.491;DP=48;Dels=0.00;FS=4.158;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.096;QD=10.91;ReadPosRankSum=0.843;VQSLOD=4.1639;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,19:48:99:553,0,823
14	23829490	.	C	T	599.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.953;DP=55;Dels=0.00;FS=5.642;HRun=0;HaplotypeScore=1.6988;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.262;QD=10.89;ReadPosRankSum=0.910;VQSLOD=5.1519;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,23:55:99:629,0,902
18	76873346	.	G	A	942.73	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.919;DP=88;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9794;MQ=58.08;MQ0=0;MQRankSum=0.889;QD=10.71;ReadPosRankSum=1.628;VQSLOD=3.5375;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,41:88:99:973,0,1121
19	12088237	.	G	A	1016.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.659;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.82;MQ0=0;MQRankSum=0.469;QD=12.39;ReadPosRankSum=0.517;VQSLOD=4.9259;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,44:82:99:1046,0,945
12	55688894	.	T	G	1627.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.389;DP=98;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=16.60;ReadPosRankSum=-1.408;VQSLOD=5.0716;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,59:98:99:1657,0,931
17	34862932	.	C	T	462.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.982;DP=56;Dels=0.00;FS=2.377;HRun=0;HaplotypeScore=3.3153;MQ=58.66;MQ0=0;MQRankSum=0.474;QD=8.27;ReadPosRankSum=-1.642;VQSLOD=3.5381;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,21:56:99:493,0,941
7	100552018	.	T	G	2737.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.879;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.140;HRun=0;HaplotypeScore=5.4377;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.463;QD=10.95;ReadPosRankSum=-1.402;VQSLOD=4.1579;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:150,100:250:99:2767,0,4543
12	21624546	.	C	G	933.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.772;DP=68;Dels=0.00;FS=1.004;HRun=0;HaplotypeScore=3.4279;MQ=56.52;MQ0=0;MQRankSum=0.987;QD=13.72;ReadPosRankSum=-1.637;VQSLOD=2.7062;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,34:68:99:963,0,877
1	158985673	.	G	A	1752.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.894;DP=168;Dels=0.00;FS=2.002;HRun=1;HaplotypeScore=5.2745;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=-0.760;QD=10.43;ReadPosRankSum=0.513;VQSLOD=4.1303;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:93,73:168:99:1782,0,2403
5	71756896	.	T	C	2837.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.514;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=3.691;HRun=2;HaplotypeScore=7.0729;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=0.892;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.079;VQSLOD=2.9750;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:139,111:250:99:2868,0,3571
11	1082353	.	C	T	218.02	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.247;DP=26;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=1;HaplotypeScore=1.9975;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-0.083;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.471;VQSLOD=4.1260;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,11:26:99:248,0,382
5	70307189	.	G	A	735.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.608;DP=68;Dels=0.00;FS=4.951;HRun=0;HaplotypeScore=3.6379;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=0.744;QD=10.82;ReadPosRankSum=-0.273;VQSLOD=3.6790;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,29:68:99:766,0,958
1	52838992	.	A	G	1496.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.422;DP=111;Dels=0.00;FS=5.196;HRun=0;HaplotypeScore=3.8409;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.513;QD=13.48;ReadPosRankSum=0.492;VQSLOD=5.1360;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,56:111:99:1526,0,1500
11	108175544	.	C	CG	183.77	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.548;DP=76;FS=98.848;HRun=1;HaplotypeScore=418.9612;MQ=60.52;MQ0=0;MQRankSum=3.225;QD=2.42;ReadPosRankSum=-4.933;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,31:76:99:223,0,1153
20	47990250	.	G	C	637.47	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.059;DP=56;Dels=0.00;FS=3.715;HRun=0;HaplotypeScore=2.9114;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.363;QD=11.38;ReadPosRankSum=0.414;VQSLOD=5.3018;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,25:56:99:667,0,866
16	30456729	.	C	T	195.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.649;DP=19;Dels=0.00;FS=3.274;HRun=0;HaplotypeScore=2.2859;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-1.236;QD=10.28;ReadPosRankSum=0.177;VQSLOD=4.7707;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:19:99:225,0,286
12	131311749	.	A	C	1383.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.098;DP=144;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=4.7760;MQ=57.55;MQ0=0;MQRankSum=1.977;QD=9.61;ReadPosRankSum=-0.886;VQSLOD=2.5871;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:81,63:144:99:1413,0,1897
16	14042077	.	A	G	2373.79	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.310;DP=160;Dels=0.00;FS=1.288;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=-0.130;QD=14.84;ReadPosRankSum=0.759;VQSLOD=6.6935;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,85:160:99:2404,0,1990
19	38896204	.	T	G	1243.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.342;DP=127;Dels=0.00;FS=3.560;HRun=1;HaplotypeScore=5.5898;MQ=59.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.008;QD=9.79;ReadPosRankSum=-0.003;VQSLOD=3.9207;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,52:127:99:1273,0,1890
15	40018945	.	C	A	280.03	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.098;DP=43;Dels=0.00;FS=1.406;HRun=1;HaplotypeScore=0.9665;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.257;QD=6.51;ReadPosRankSum=0.501;VQSLOD=3.6071;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,12:43:99:310,0,825
20	17956347	.	C	T	1283.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.272;DP=92;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9958;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.516;QD=13.95;ReadPosRankSum=-1.059;VQSLOD=3.8322;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,52:92:99:1314,0,1036
6	153323594	.	C	T	2440.42	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=79;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=50.08;MQ0=0;QD=30.89;VQSLOD=6.9185;culprit=MQ;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,79:79:99:2473,199,0
16	3019781	.	T	TC	184.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.929;DP=28;FS=26.946;HRun=1;HaplotypeScore=161.8037;MQ=60.12;MQ0=0;MQRankSum=0.600;QD=6.60;ReadPosRankSum=-2.637;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,15:28:99:224,0,120
15	83495214	.	T	A	3143.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.704;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=1.545;HRun=2;HaplotypeScore=1.9134;MQ=58.50;MQ0=0;MQRankSum=0.914;QD=12.62;ReadPosRankSum=-1.055;VQSLOD=5.7569;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:121,128:249:99:3173,0,3149
6	116574452	.	C	T	161.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.245;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7519;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.098;QD=5.56;ReadPosRankSum=1.147;VQSLOD=2.7293;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,8:29:99:191,0,619
16	89776278	.	C	T	2397.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.415;DP=176;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.6898;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.921;QD=13.62;ReadPosRankSum=0.384;VQSLOD=4.5871;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,100:176:99:2428,0,2003
12	54422504	.	C	T	1809.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.369;DP=126;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3898;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.163;QD=14.36;ReadPosRankSum=0.466;VQSLOD=3.3893;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,64:126:99:1839,0,1758
5	141336264	.	G	T	5411.49	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=159;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.5661;MQ=59.62;MQ0=0;QD=34.03;VQSLOD=9.8093;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,159:159:99:5411,430,0
17	61417560	.	G	T	2278.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.025;DP=150;Dels=0.00;FS=3.953;HRun=0;HaplotypeScore=2.3293;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=1.735;QD=15.19;ReadPosRankSum=0.545;VQSLOD=4.0971;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,86:150:99:2308,0,1716
5	169661994	.	G	C	141.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.635;DP=12;Dels=0.00;FS=2.632;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=11.76;ReadPosRankSum=1.000;VQSLOD=6.3449;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:5,7:12:99:171,0,106
10	46999019	.	G	A	354.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.084;DP=61;Dels=0.00;FS=1.118;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.32;MQ0=1;MQRankSum=0.115;QD=5.81;ReadPosRankSum=1.083;VQSLOD=3.2482;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,17:61:99:384,0,1121
9	35675799	.	C	A	538.67	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.360;DP=51;Dels=0.00;FS=2.471;HRun=0;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.466;QD=10.56;ReadPosRankSum=0.162;VQSLOD=5.7932;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,22:51:99:569,0,725
5	160047759	.	C	T	2177.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.082;DP=158;Dels=0.00;FS=0.603;HRun=0;HaplotypeScore=4.7331;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.689;QD=13.78;ReadPosRankSum=0.185;VQSLOD=5.1621;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:83,75:158:99:2208,0,2315
1	144871738	.	C	A	2624.09	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.518;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9096;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=10.54;ReadPosRankSum=-2.530;VQSLOD=4.0743;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:142,107:249:99:2654,0,4016
5	55178976	.	G	A	969.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.856;DP=73;Dels=0.01;FS=3.165;HRun=1;HaplotypeScore=2.9448;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=0.966;QD=13.09;ReadPosRankSum=0.668;VQSLOD=6.3318;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:38,35:73:99:999,0,990
17	19474875	.	C	T	1039.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.809;DP=84;Dels=0.00;FS=0.886;HRun=0;HaplotypeScore=2.6503;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.979;QD=12.37;ReadPosRankSum=0.434;VQSLOD=4.7869;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,45:84:99:1069,0,976
10	127737958	.	T	C	2560.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.775;DP=162;DS;Dels=0.00;FS=5.134;HRun=0;HaplotypeScore=5.4402;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.380;QD=15.81;ReadPosRankSum=-0.850;VQSLOD=3.8173;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,87:162:99:2591,0,2053
7	95216415	.	C	CA	294.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.450;DP=66;FS=67.469;HRun=2;HaplotypeScore=391.7316;MQ=59.64;MQ0=1;MQRankSum=2.547;QD=4.40;ReadPosRankSum=-4.235;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,32:66:99:334,0,674
17	21203893	.	T	C	242.98	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.162;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.6553;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.613;QD=7.84;ReadPosRankSum=-0.782;VQSLOD=5.4068;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,10:31:99:273,0,521
6	136599822	.	C	G	879.06	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.241;DP=98;Dels=0.00;FS=2.911;HRun=0;HaplotypeScore=2.8575;MQ=56.73;MQ0=1;MQRankSum=-0.151;QD=8.97;ReadPosRankSum=-0.602;VQSLOD=2.9620;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,37:98:99:909,0,1753
14	24656694	.	GTC	G	1573.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.692;DP=109;FS=0.741;HRun=0;HaplotypeScore=341.1591;MQ=59.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.664;QD=14.43;ReadPosRankSum=0.068;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,45:109:99:1612,0,2989
16	2003016	.	G	A	1139.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.136;DP=91;Dels=0.00;FS=1.723;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=2.457;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.128;VQSLOD=4.0746;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,48:91:99:1169,0,1058
17	69519	.	T	C	1607.41	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.603;DP=157;Dels=0.00;FS=1.326;HRun=1;HaplotypeScore=4.0054;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.864;QD=10.24;ReadPosRankSum=-0.043;VQSLOD=3.9419;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:88,69:157:99:1637,0,2379
5	179229032	.	G	A	2096.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.018;DP=157;Dels=0.00;FS=0.592;HRun=1;HaplotypeScore=3.3992;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.511;QD=13.36;ReadPosRankSum=-1.161;VQSLOD=5.8902;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,81:157:99:2127,0,1909
3	19575232	.	C	T	2836.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.040;DP=207;Dels=0.00;FS=1.131;HRun=1;HaplotypeScore=5.9788;MQ=58.57;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=13.70;ReadPosRankSum=-0.233;VQSLOD=4.4396;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:100,107:207:99:2866,0,2729
11	125830970	.	A	T	1379.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.507;DP=106;Dels=0.00;FS=4.003;HRun=1;HaplotypeScore=2.4602;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=1.340;QD=13.01;ReadPosRankSum=-0.840;VQSLOD=5.7323;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,53:106:99:1409,0,1417
1	144868170	.	C	T	1598.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.250;DP=119;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2866;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.653;QD=13.43;ReadPosRankSum=-0.254;VQSLOD=4.8313;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,64:119:99:1629,0,1558
3	72971366	.	G	A	3026.67	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.989;DP=245;DS;Dels=0.00;FS=1.553;HRun=0;HaplotypeScore=2.9912;MQ=59.41;MQ0=0;MQRankSum=0.069;QD=12.35;ReadPosRankSum=0.111;VQSLOD=4.9660;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:125,120:245:99:3057,0,3450
1	145103947	.	T	C	473.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.571;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=-1.698;QD=8.60;ReadPosRankSum=-0.282;VQSLOD=4.9495;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,23:55:99:503,0,812
8	33318891	.	T	C	2051.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.326;DP=180;Dels=0.00;FS=0.616;HRun=2;HaplotypeScore=1.9774;MQ=58.74;MQ0=0;MQRankSum=-0.316;QD=11.40;ReadPosRankSum=1.174;VQSLOD=4.5126;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:102,78:180:99:2081,0,2736
14	45711988	.	C	A	1579.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.690;DP=140;Dels=0.00;FS=2.269;HRun=0;HaplotypeScore=4.5980;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=0.804;QD=11.28;ReadPosRankSum=0.204;VQSLOD=4.1176;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:71,69:140:99:1609,0,1806
19	22271717	.	A	C	1045.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.341;DP=68;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=-0.055;QD=15.37;ReadPosRankSum=0.424;VQSLOD=6.3881;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,36:68:99:1075,0,854
5	140773812	.	G	A	736.96	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.786;DP=59;Dels=0.00;FS=8.433;HRun=1;HaplotypeScore=1.9153;MQ=58.25;MQ0=0;MQRankSum=1.029;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.592;VQSLOD=3.1677;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,27:59:99:767,0,820
7	81588616	.	T	G	942.20	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.888;DP=67;Dels=0.00;FS=2.117;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=14.06;ReadPosRankSum=0.680;VQSLOD=5.9864;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,39:67:99:972,0,668
20	3128854	.	A	G	1452.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.582;DP=144;Dels=0.00;FS=1.325;HRun=0;HaplotypeScore=3.9635;MQ=58.52;MQ0=0;MQRankSum=-1.210;QD=10.09;ReadPosRankSum=-0.371;VQSLOD=4.3521;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,60:144:99:1483,0,1988
12	53200999	.	T	A	1321.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.176;DP=98;Dels=0.00;FS=0.789;HRun=0;HaplotypeScore=1.9367;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=0.110;QD=13.48;ReadPosRankSum=-0.508;VQSLOD=5.0908;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,48:98:99:1351,0,1464
15	91454691	.	C	A	1894.96	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.960;DP=147;DS;Dels=0.00;FS=5.606;HRun=0;HaplotypeScore=1.5717;MQ=59.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.076;QD=12.89;ReadPosRankSum=-0.777;VQSLOD=4.0284;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,71:147:99:1925,0,1873
10	101667814	.	A	G	1098.03	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.519;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=-0.275;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.280;VQSLOD=6.4921;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:68,50:118:99:1128,0,1627
14	78399644	.	C	A	1943.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.452;DP=152;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=6.5410;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.114;QD=12.78;ReadPosRankSum=-0.809;VQSLOD=3.2699;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:81,71:152:99:1973,0,2161
18	61654247	.	G	T	928.65	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.678;DP=89;Dels=0.00;FS=0.817;HRun=0;HaplotypeScore=2.8602;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=10.43;ReadPosRankSum=-0.193;VQSLOD=4.8800;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,39:89:99:959,0,1482
17	21202191	.	C	A	1167.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.120;DP=102;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.8448;MQ=56.05;MQ0=0;MQRankSum=0.679;QD=11.44;ReadPosRankSum=2.278;VQSLOD=2.1896;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,50:102:99:1197,0,1325
1	203455902	.	A	C	1367.36	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.649;DP=106;Dels=0.00;FS=1.649;HRun=0;HaplotypeScore=3.6917;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-0.453;QD=12.90;ReadPosRankSum=0.174;VQSLOD=5.5039;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,56:106:99:1397,0,1375
16	27784497	.	G	A	403.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.390;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=57.82;MQ0=0;MQRankSum=-0.110;QD=13.90;ReadPosRankSum=0.767;VQSLOD=6.4200;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,16:29:99:433,0,300
11	78433746	.	G	A	2560.65	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.691;DP=203;Dels=0.00;FS=2.585;HRun=0;HaplotypeScore=4.3999;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=12.61;ReadPosRankSum=1.290;VQSLOD=3.5726;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:105,97:203:99:2591,0,2766
4	57796639	.	T	C	760.07	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.900;DP=48;Dels=0.00;FS=4.200;HRun=1;HaplotypeScore=3.9618;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=0.021;QD=15.83;ReadPosRankSum=0.190;VQSLOD=2.6156;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,29:48:99:790,0,528
2	118578824	.	A	G	1493.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.814;DP=80;Dels=0.00;FS=0.897;HRun=0;HaplotypeScore=1.7873;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=-0.180;QD=18.67;ReadPosRankSum=0.110;VQSLOD=4.9199;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,51:80:99:1523,0,697
12	101761753	.	A	G	2827.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.758;DP=231;DS;Dels=0.00;FS=3.097;HRun=2;HaplotypeScore=1.5616;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.194;QD=12.24;ReadPosRankSum=0.412;VQSLOD=4.6186;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:126,105:231:99:2858,0,3578
10	105891927	.	G	C	727.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.296;DP=74;Dels=0.00;FS=2.022;HRun=0;HaplotypeScore=0.7340;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.263;QD=9.83;ReadPosRankSum=-0.197;VQSLOD=5.7297;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,31:74:99:758,0,1202
2	75879359	.	G	A	791.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.551;DP=74;Dels=0.00;FS=0.934;HRun=4;HaplotypeScore=0.6651;MQ=58.61;MQ0=0;MQRankSum=-0.267;QD=10.69;ReadPosRankSum=-0.998;VQSLOD=5.6640;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,32:74:99:821,0,1180
17	76447713	.	C	A	3116.80	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.301;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=2.212;HRun=2;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=1.891;QD=12.57;ReadPosRankSum=0.231;VQSLOD=4.6139;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:126,122:248:99:3147,0,3495
16	72993159	.	A	G	2104.59	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.754;DP=176;Dels=0.00;FS=4.916;HRun=1;HaplotypeScore=4.6192;MQ=59.16;MQ0=1;MQRankSum=-0.757;QD=11.96;ReadPosRankSum=0.110;VQSLOD=3.2675;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:100,76:176:99:2135,0,2688
11	58206714	.	C	T	537.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.547;DP=61;Dels=0.00;FS=1.006;HRun=0;HaplotypeScore=2.6639;MQ=58.38;MQ0=0;MQRankSum=0.158;QD=8.82;ReadPosRankSum=-0.943;VQSLOD=5.3545;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,24:61:99:568,0,935
1	144882823	.	C	T	3225.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.006;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=4.276;HRun=2;HaplotypeScore=7.4280;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=0.282;QD=12.95;ReadPosRankSum=-1.395;VQSLOD=3.7191;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:133,116:249:99:3255,0,4064
10	25273744	.	T	C	1203.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.800;DP=99;Dels=0.00;FS=5.079;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=1.638;QD=12.16;ReadPosRankSum=1.470;VQSLOD=4.7064;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,46:99:99:1233,0,1395
19	54973653	.	C	T	856.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.332;DP=76;Dels=0.00;FS=10.734;HRun=1;HaplotypeScore=0.9979;MQ=59.02;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=11.27;ReadPosRankSum=-0.845;VQSLOD=3.9380;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,37:76:99:887,0,1068
9	113192279	.	A	T	999.31	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.159;DP=66;Dels=0.00;FS=3.735;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=0.728;QD=15.14;ReadPosRankSum=-0.860;VQSLOD=3.9468;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,40:66:99:1029,0,575
1	32158076	.	T	C	820.80	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.022;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.244;QD=13.68;ReadPosRankSum=0.215;VQSLOD=5.9749;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,32:60:99:851,0,753
6	57512565	.	T	C	5086.29	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.706;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.4101;MQ=58.56;MQ0=0;MQRankSum=1.601;QD=20.43;ReadPosRankSum=-0.491;VQSLOD=3.5298;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:104,144:249:99:4402,0,2803
18	8825946	.	G	A	728.75	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.525;DP=57;Dels=0.00;FS=1.077;HRun=0;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.345;QD=12.79;ReadPosRankSum=0.377;VQSLOD=5.4269;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,29:57:99:759,0,670
16	48174765	.	C	A	1610.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.774;DP=157;Dels=0.00;FS=0.613;HRun=2;HaplotypeScore=2.9792;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.994;QD=10.26;ReadPosRankSum=0.657;VQSLOD=4.4362;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:95,62:157:99:1640,0,2640
7	100552135	.	T	C	2514.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.110;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=5.303;HRun=1;HaplotypeScore=7.9709;MQ=58.75;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=10.22;ReadPosRankSum=-0.218;VQSLOD=3.6741;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:148,98:246:99:2544,0,4342
11	102575379	.	T	C	1431.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.003;DP=115;Dels=0.00;FS=0.740;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=-1.880;QD=12.44;ReadPosRankSum=-0.036;VQSLOD=5.0128;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,54:115:99:1461,0,1652
9	116053252	.	C	T	2265.36	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.825;DP=149;Dels=0.00;FS=4.373;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.396;QD=15.20;ReadPosRankSum=-1.039;VQSLOD=4.0911;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,85:149:99:2295,0,1677
9	121971069	.	C	T	1551.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.440;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7333;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.233;QD=14.36;ReadPosRankSum=-0.734;VQSLOD=6.0859;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,57:108:99:1581,0,1367
12	133257837	.	C	A	2250.62	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.287;DP=221;DS;Dels=0.00;FS=2.405;HRun=0;HaplotypeScore=5.6830;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.212;QD=10.18;ReadPosRankSum=0.288;VQSLOD=4.2830;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:131,90:221:99:2281,0,3332
16	3432993	.	G	C	1416.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.347;DP=75;Dels=0.00;FS=3.494;HRun=0;HaplotypeScore=4.8786;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=0.584;QD=18.89;ReadPosRankSum=1.606;VQSLOD=2.3981;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,47:75:99:1447,0,765
9	21970916	.	C	T	772.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.313;DP=80;Dels=0.00;FS=4.592;HRun=0;HaplotypeScore=2.1500;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=-0.245;QD=9.66;ReadPosRankSum=0.325;VQSLOD=5.7322;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,32:80:99:803,0,1100
12	6630988	.	A	G	802.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.166;DP=80;Dels=0.00;FS=6.130;HRun=1;HaplotypeScore=1.5518;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.658;QD=10.03;ReadPosRankSum=0.356;VQSLOD=5.1681;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,31:80:99:833,0,1316
7	133932357	.	T	C	1190.28	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.753;DP=115;Dels=0.00;FS=2.368;HRun=0;HaplotypeScore=2.5310;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=0.501;QD=10.35;ReadPosRankSum=0.014;VQSLOD=5.8899;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,55:115:99:1220,0,1356
1	32842319	.	T	C	470.26	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.883;DP=66;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.6775;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=1.410;QD=7.13;ReadPosRankSum=-0.229;VQSLOD=5.4969;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:43,22:66:99:500,0,1192
1	220193423	.	T	C	2008.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.592;DP=166;Dels=0.00;FS=3.611;HRun=0;HaplotypeScore=2.9808;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=-1.369;QD=12.10;ReadPosRankSum=0.928;VQSLOD=4.7346;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:91,75:166:99:2038,0,2412
2	165381542	.	C	A	142.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.508;DP=25;Dels=0.00;FS=2.044;HRun=1;HaplotypeScore=2.7245;MQ=58.49;MQ0=0;MQRankSum=0.318;QD=5.68;ReadPosRankSum=-1.524;VQSLOD=3.9903;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:18,7:25:99:172,0,454
19	6452423	.	C	T	432.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.557;DP=36;Dels=0.00;FS=1.365;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.143;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.621;VQSLOD=5.8286;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,20:36:99:462,0,373
1	55064970	.	C	T	2634.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.368;DP=166;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.7861;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.686;QD=15.87;ReadPosRankSum=1.184;VQSLOD=4.2595;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:72,94:166:99:2664,0,1948
14	23745533	.	C	T	804.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.296;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.4314;MQ=57.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.049;QD=12.77;ReadPosRankSum=0.082;VQSLOD=4.5910;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,29:63:99:835,0,658
20	62378405	.	C	T	506.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.822;DP=62;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.408;QD=8.18;ReadPosRankSum=0.816;VQSLOD=4.1789;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,23:62:99:537,0,1016
12	113403675	.	C	T	630.36	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.548;DP=38;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.334;QD=16.59;ReadPosRankSum=-0.261;VQSLOD=5.1914;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,22:38:99:660,0,384
6	136590698	.	C	T	240.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.437;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=53.56;MQ0=0;MQRankSum=-1.466;QD=5.46;ReadPosRankSum=-1.003;VQSLOD=2.3698;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,13:44:99:270,0,775
13	20797025	.	A	T	1381.60	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=100;Dels=0.00;FS=0.761;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.77;MQ0=0;MQRankSum=1.074;QD=13.82;ReadPosRankSum=1.386;VQSLOD=5.8476;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,55:100:99:1412,0,1142
6	166780349	.	G	T	1772.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.127;DP=166;Dels=0.00;FS=1.263;HRun=0;HaplotypeScore=7.3439;MQ=58.54;MQ0=0;MQRankSum=1.588;QD=10.68;ReadPosRankSum=-0.580;VQSLOD=3.8489;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:86,80:166:99:1803,0,2067
2	179400130	.	G	A	1594.32	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.884;DP=121;Dels=0.00;FS=7.243;HRun=0;HaplotypeScore=1.9980;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=-1.057;QD=13.18;ReadPosRankSum=-0.901;VQSLOD=3.9213;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,57:121:99:1624,0,1789
11	68566802	.	G	A	887.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.443;DP=71;Dels=0.00;FS=0.889;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=-1.387;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.524;VQSLOD=3.1110;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,37:71:99:917,0,871
7	100388628	.	C	A	142.59	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.479;DP=19;Dels=0.00;FS=1.871;HRun=2;HaplotypeScore=2.8306;MQ=57.77;MQ0=0;MQRankSum=-0.042;QD=7.50;ReadPosRankSum=0.803;VQSLOD=4.0059;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:12,7:19:99:173,0,361
15	55652187	.	T	C	3777	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.895;DP=206;Dels=0.00;FS=6.006;HRun=1;HaplotypeScore=2.9930;MQ=58.77;MQ0=0;MQRankSum=0.446;QD=18.33;ReadPosRankSum=-0.902;VQSLOD=2.5891;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:85,121:206:99:3301,0,1990
21	45391272	.	C	T	3129.49	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-10.804;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.507;HRun=0;HaplotypeScore=4.1274;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.335;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.238;VQSLOD=5.4852;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:125,125:250:99:3159,0,3519
X	2835863	.	G	T	743.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.492;DP=63;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=55.73;MQ0=0;MQRankSum=-2.564;QD=11.81;ReadPosRankSum=-1.285;VQSLOD=4.0749;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,31:63:99:774,0,921
19	10106260	.	G	A	1054.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.631;DP=87;Dels=0.00;FS=4.075;HRun=0;HaplotypeScore=5.2211;MQ=57.74;MQ0=0;MQRankSum=0.186;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.430;VQSLOD=2.6930;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,45:87:99:1085,0,1094
6	146351069	.	G	A	1226.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.981;DP=97;Dels=0.00;FS=0.771;HRun=0;HaplotypeScore=3.4698;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.323;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.514;VQSLOD=4.7869;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,45:97:99:1256,0,1409
11	111707001	.	T	C	1102.66	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.826;DP=95;Dels=0.00;FS=4.004;HRun=0;HaplotypeScore=2.7348;MQ=58.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.019;QD=11.61;ReadPosRankSum=-0.361;VQSLOD=3.7031;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,46:95:99:1133,0,1250
3	112647783	.	T	C	1096.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.972;DP=97;Dels=0.00;FS=3.964;HRun=2;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.826;QD=11.30;ReadPosRankSum=0.236;VQSLOD=5.3113;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,43:97:99:1126,0,1378
9	34371454	.	G	C	447.02	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.598;DP=45;Dels=0.00;FS=1.161;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-0.011;QD=9.93;ReadPosRankSum=-1.199;VQSLOD=6.1408;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,20:45:99:477,0,697
12	48137441	.	C	T	831.36	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.317;DP=63;Dels=0.00;FS=3.665;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.430;QD=13.20;ReadPosRankSum=1.148;VQSLOD=4.5670;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,32:63:99:861,0,747
3	125877290	.	G	A	535.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.516;DP=41;Dels=0.00;FS=2.304;HRun=0;HaplotypeScore=3.4114;MQ=58.87;MQ0=0;MQRankSum=-0.196;QD=13.07;ReadPosRankSum=-1.216;VQSLOD=4.1976;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,19:41:99:566,0,618
17	10415269	.	A	G	4423.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.996;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.80;MQ0=0;MQRankSum=1.033;QD=17.69;ReadPosRankSum=-0.372;VQSLOD=6.6505;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:124,126:250:99:3727,0,3577
3	58191244	.	G	A	3161.68	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.733;DP=248;DS;Dels=0.00;FS=2.138;HRun=1;HaplotypeScore=5.7389;MQ=59.22;MQ0=0;MQRankSum=0.433;QD=12.75;ReadPosRankSum=0.674;VQSLOD=3.5741;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:124,124:248:99:3192,0,3258
6	71665982	.	G	C	165.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.910;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.33;MQ0=0;MQRankSum=-0.201;QD=11.83;ReadPosRankSum=0.421;VQSLOD=4.6228;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,7:14:99:196,0,162
16	3119297	.	C	CG	1237.96	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=9.553;DP=192;FS=1.349;HRun=6;HaplotypeScore=613.4101;MQ=55.06;MQ0=1;MQRankSum=-2.477;QD=6.38;ReadPosRankSum=0.985;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:149,45:192:99:1277,0,3377
4	55131118	.	C	T	2250.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.252;DP=178;Dels=0.00;FS=1.217;HRun=2;HaplotypeScore=2.7932;MQ=59.73;MQ0=0;MQRankSum=0.198;QD=12.64;ReadPosRankSum=-0.841;VQSLOD=4.7823;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:89,89:178:99:2280,0,2298
6	57512476	.	G	A	1425.43	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.326;DP=80;Dels=0.00;FS=4.463;HRun=0;HaplotypeScore=1.6646;MQ=59.34;MQ0=0;MQRankSum=2.080;QD=17.82;ReadPosRankSum=-1.351;VQSLOD=4.0451;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,54:80:99:1455,0,675
10	31810679	.	A	G	1072.36	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.602;DP=87;Dels=0.00;FS=7.124;HRun=0;HaplotypeScore=1.6828;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.172;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.425;VQSLOD=3.4421;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,37:87:99:1102,0,1407
10	49447720	.	G	A	675.89	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=80;Dels=0.00;FS=0.893;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.472;QD=8.45;ReadPosRankSum=1.317;VQSLOD=5.4926;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:50,30:80:99:706,0,1212
X	1428421	.	G	T	4188.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.033;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.551;HRun=0;HaplotypeScore=6.1804;MQ=58.63;MQ0=0;MQRankSum=0.631;QD=16.75;ReadPosRankSum=0.046;VQSLOD=4.3859;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:131,119:250:99:3513,0,3550
2	241468875	.	C	T	599.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.029;DP=53;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8321;MQ=59.56;MQ0=0;MQRankSum=0.633;QD=11.31;ReadPosRankSum=0.193;VQSLOD=6.5455;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,25:53:99:630,0,647
19	57646393	.	T	A	2051.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.053;DP=160;Dels=0.00;FS=0.583;HRun=1;HaplotypeScore=2.9202;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-2.276;QD=12.82;ReadPosRankSum=-0.043;VQSLOD=4.7556;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:82,77:160:99:2082,0,2246
19	18701700	.	G	A	350.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.239;DP=28;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=0;HaplotypeScore=2.4551;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.427;QD=12.52;ReadPosRankSum=-1.130;VQSLOD=5.4931;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,17:28:99:381,0,290
1	144874815	.	T	C	2031.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.270;DP=233;DS;Dels=0.00;FS=2.756;HRun=0;HaplotypeScore=6.1456;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=8.72;ReadPosRankSum=-1.070;VQSLOD=3.4582;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:147,86:233:99:2061,0,4500
16	4861709	.	G	C	2187.04	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=71;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.68;MQ0=0;QD=30.80;VQSLOD=8.4060;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,71:71:99:2220,172,0
1	40535490	.	C	CG	838.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.346;DP=131;DS;FS=125.979;HRun=1;HaplotypeScore=683.9167;MQ=60.22;MQ0=0;MQRankSum=0.990;QD=6.40;ReadPosRankSum=-4.512;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,74:131:99:877,0,1276
1	228506768	.	C	T	321.02	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.110;DP=29;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9789;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.241;QD=11.07;ReadPosRankSum=-1.425;VQSLOD=4.7049;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,13:29:99:351,0,466
17	7470285	.	CA	C	583.33	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=17;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=42.1583;MQ=60.63;MQ0=0;QD=34.31;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,17:17:51.16:625,51,0
10	46965018	.	C	G	264.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.029;DP=51;Dels=0.00;FS=1.191;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.475;QD=5.19;ReadPosRankSum=-0.707;VQSLOD=3.7516;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,14:51:99:295,0,1037
1	202731846	.	G	T	2248.66	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.029;DP=214;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9800;MQ=57.56;MQ0=0;MQRankSum=-0.944;QD=10.51;ReadPosRankSum=-0.984;VQSLOD=2.7026;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:121,93:214:99:2279,0,3120
14	72054708	.	G	A	2455.15	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.051;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=1.666;HRun=0;HaplotypeScore=9.4106;MQ=58.99;MQ0=0;MQRankSum=2.676;QD=11.01;ReadPosRankSum=0.058;VQSLOD=3.3561;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:127,96:223:99:2485,0,3336
18	21119949	.	T	A	1470.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.060;DP=134;Dels=0.00;FS=1.531;HRun=2;HaplotypeScore=4.5098;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.114;QD=10.97;ReadPosRankSum=1.228;VQSLOD=4.0276;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,60:134:99:1500,0,1932
5	422955	.	C	G	558.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.718;DP=60;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.412;QD=9.31;ReadPosRankSum=0.563;VQSLOD=10.9401;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,24:60:99:589,0,1019
7	157931003	.	C	T	791.41	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.576;DP=70;Dels=0.00;FS=2.482;HRun=0;HaplotypeScore=2.3913;MQ=59.04;MQ0=0;MQRankSum=-0.788;QD=11.31;ReadPosRankSum=-2.007;VQSLOD=5.2367;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,33:70:99:821,0,1066
8	86049708	.	T	C	1297.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.163;DP=100;Dels=0.00;FS=2.888;HRun=1;HaplotypeScore=1.8332;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.370;QD=12.97;ReadPosRankSum=-0.266;VQSLOD=5.0723;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,54:100:99:1327,0,1200
10	12595329	.	A	G	1806.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.059;DP=129;Dels=0.00;FS=0.802;HRun=1;HaplotypeScore=0.7887;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=0.233;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.643;VQSLOD=6.3109;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,64:129:99:1836,0,1847
6	87970650	.	G	A	249.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.630;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.181;QD=13.88;ReadPosRankSum=0.453;VQSLOD=6.4601;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,11:18:99:280,0,192
7	150389678	.	T	C	636.06	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.580;DP=54;Dels=0.00;FS=1.065;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.153;QD=11.78;ReadPosRankSum=-0.745;VQSLOD=4.6863;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,23:54:99:666,0,840
1	144871782	.	A	G	2552.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.964;DP=223;DS;Dels=0.00;FS=1.099;HRun=2;HaplotypeScore=5.6287;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.326;QD=11.45;ReadPosRankSum=0.512;VQSLOD=4.6346;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:128,95:223:99:2582,0,3657
9	139752899	.	T	G	1240.01	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=40;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9469;MQ=58.36;MQ0=0;QD=31.00;VQSLOD=8.7444;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,39:40:99:1273,105,0
21	43161252	.	G	A	2443.75	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.512;DP=168;Dels=0.00;FS=5.694;HRun=0;HaplotypeScore=5.5961;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=2.431;QD=14.55;ReadPosRankSum=0.602;VQSLOD=3.3254;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,94:168:99:2474,0,1914
10	1405261	.	G	A	473.41	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.633;DP=24;Dels=0.00;FS=4.548;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.03;MQ0=0;MQRankSum=0.833;QD=19.73;ReadPosRankSum=-1.900;VQSLOD=2.5738;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,18:24:99:503,0,173
14	21972019	.	G	A	1391.18	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.657;DP=95;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8564;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.352;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.299;VQSLOD=4.5774;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,48:95:99:1421,0,1327
2	48809609	.	C	G	1346	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.768;DP=118;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=6.1405;MQ=59.61;MQ0=0;MQRankSum=1.477;QD=11.41;ReadPosRankSum=2.018;VQSLOD=2.4267;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:65,53:118:99:1376,0,1688
15	30025358	.	G	C	656.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.464;DP=82;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.326;QD=8.01;ReadPosRankSum=-0.661;VQSLOD=5.1244;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:55,27:82:99:687,0,1422
3	37670679	.	G	A	2009.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.847;DP=180;Dels=0.00;FS=0.559;HRun=0;HaplotypeScore=5.6070;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.858;QD=11.17;ReadPosRankSum=0.813;VQSLOD=4.1754;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:100,80:180:99:2040,0,2622
3	42679486	.	A	G	814.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.947;DP=88;Dels=0.00;FS=7.186;HRun=3;HaplotypeScore=1.9973;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=0.152;QD=9.26;ReadPosRankSum=-0.958;VQSLOD=2.8338;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,32:88:99:845,0,1588
20	126310	.	ACC	A	1611.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.797;DP=140;FS=0.000;HRun=5;HaplotypeScore=481.2378;MQ=58.56;MQ0=1;MQRankSum=-0.384;QD=11.43;ReadPosRankSum=0.176;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:93,48:140:99:1650,0,3804
1	978762	.	G	A	224.89	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.821;DP=20;Dels=0.00;FS=2.392;HRun=0;HaplotypeScore=7.6397;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=11.24;ReadPosRankSum=1.288;VQSLOD=2.8342;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:20:99:255,0,244
X	19379640	.	G	C	3354.51	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=2.5581;MQ=58.71;MQ0=0;QD=29.17;VQSLOD=7.5285;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,114:115:99:3354,250,0
3	52821210	.	C	T	1064.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.162;DP=117;Dels=0.00;FS=4.770;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=1.365;QD=9.10;ReadPosRankSum=-0.557;VQSLOD=3.9827;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:74,43:117:99:1094,0,1875
7	64452698	.	T	C	1433.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.205;DP=114;Dels=0.00;FS=9.881;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=0.434;QD=12.57;ReadPosRankSum=1.699;VQSLOD=4.0244;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:60,54:114:99:1463,0,1702
5	177546780	.	A	G	2545.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.402;DP=216;Dels=0.00;FS=0.527;HRun=1;HaplotypeScore=4.0285;MQ=59.58;MQ0=0;MQRankSum=0.882;QD=11.79;ReadPosRankSum=-1.158;VQSLOD=4.1807;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:109,107:216:99:2576,0,3104
1	17297252	.	A	C	87.88	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.070;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.5606;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.394;QD=4.88;ReadPosRankSum=0.000;VQSLOD=2.6560;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:13,5:18:99:118,0,367
1	17265560	.	C	T	109.82	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.678;DP=12;Dels=0.00;FS=6.264;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.05;MQ0=0;MQRankSum=-0.678;QD=9.15;ReadPosRankSum=-1.663;VQSLOD=3.2823;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:4,8:12:99:140,0,125
16	70164334	.	A	G	557.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.759;DP=62;Dels=0.00;FS=1.153;HRun=1;HaplotypeScore=0.9832;MQ=56.67;MQ0=0;MQRankSum=1.155;QD=9.00;ReadPosRankSum=0.390;VQSLOD=3.3613;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,22:62:99:588,0,1153
1	16892272	.	C	CT	697.55	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.528;DP=42;DS;FS=88.834;HRun=1;HaplotypeScore=407.5146;MQ=13.50;MQ0=153;MQRankSum=-5.049;QD=2.85;ReadPosRankSum=-1.171;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:222,23:42:99:737,0,647
6	31749884	.	G	A	946.81	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=70;Dels=0.00;FS=0.918;HRun=0;HaplotypeScore=2.6202;MQ=58.94;MQ0=0;MQRankSum=0.435;QD=13.53;ReadPosRankSum=0.565;VQSLOD=4.8954;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,37:70:99:977,0,917
2	211456637	.	A	G	574.02	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.246;DP=52;Dels=0.00;FS=1.182;HRun=0;HaplotypeScore=0.9995;MQ=57.09;MQ0=0;MQRankSum=0.234;QD=11.04;ReadPosRankSum=0.214;VQSLOD=4.4578;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,23:52:99:604,0,625
1	23418803	.	G	C	4616.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.604;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=2.835;HRun=0;HaplotypeScore=3.5919;MQ=59.76;MQ0=0;MQRankSum=-0.767;QD=18.47;ReadPosRankSum=0.879;VQSLOD=4.3852;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:115,135:250:99:3969,0,3125
10	22019855	.	G	A	1901.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.929;DP=143;Dels=0.00;FS=3.407;HRun=0;HaplotypeScore=1.9623;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=-0.495;QD=13.30;ReadPosRankSum=-0.212;VQSLOD=4.7451;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:69,74:143:99:1931,0,1763
1	201182609	.	G	A	1479.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.021;DP=107;Dels=0.00;FS=2.687;HRun=0;HaplotypeScore=3.8153;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=0.868;QD=13.83;ReadPosRankSum=-1.586;VQSLOD=5.1338;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,53:107:99:1509,0,1355
1	117635413	.	A	G	2848.26	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.436;DP=211;DS;Dels=0.00;FS=1.072;HRun=1;HaplotypeScore=4.6143;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=1.123;QD=13.50;ReadPosRankSum=-1.094;VQSLOD=5.3495;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:101,110:211:99:2878,0,2913
20	5547384	.	C	T	1230.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.244;DP=115;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.5362;MQ=58.67;MQ0=0;MQRankSum=0.909;QD=10.70;ReadPosRankSum=-1.187;VQSLOD=5.3683;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,53:115:99:1260,0,1497
17	21318698	.	C	T	864.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.444;DP=101;Dels=0.00;FS=1.002;HRun=1;HaplotypeScore=1.9819;MQ=57.81;MQ0=0;MQRankSum=1.745;QD=8.56;ReadPosRankSum=-0.817;VQSLOD=3.9425;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:66,35:101:99:894,0,1932
12	4702211	.	A	T	1513.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.906;DP=149;Dels=0.00;FS=6.279;HRun=0;HaplotypeScore=3.5868;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.025;QD=10.16;ReadPosRankSum=-0.850;VQSLOD=4.0737;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:83,66:149:99:1544,0,2075
17	72367973	.	T	C	946.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.033;DP=65;Dels=0.00;FS=3.468;HRun=0;HaplotypeScore=1.6281;MQ=59.65;MQ0=0;MQRankSum=0.099;QD=14.56;ReadPosRankSum=0.099;VQSLOD=4.9132;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,35:65:99:976,0,720
1	155260382	.	C	T	1117.81	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.103;DP=77;Dels=0.00;FS=8.752;HRun=0;HaplotypeScore=2.7476;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=-0.385;QD=14.52;ReadPosRankSum=0.508;VQSLOD=4.0527;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,43:77:99:1148,0,972
1	17087541	.	GGTGCT	G	1171.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.327;DP=152;DS;FS=35.118;HRun=0;HaplotypeScore=853.6694;MQ=40.47;MQ0=6;MQRankSum=-4.137;QD=5.48;ReadPosRankSum=-3.075;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:142,72:152:99:1211,0,10568
6	28499567	.	T	C	3158.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.172;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=1.542;HRun=2;HaplotypeScore=6.2576;MQ=59.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.348;QD=12.63;ReadPosRankSum=-1.167;VQSLOD=4.2682;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:137,113:250:99:3188,0,3978
16	84513562	.	G	A	779.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.277;DP=66;Dels=0.00;FS=0.956;HRun=2;HaplotypeScore=2.7850;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=0.638;QD=11.80;ReadPosRankSum=0.490;VQSLOD=5.9473;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,32:66:99:809,0,785
14	37736325	.	A	G	1315.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.399;DP=90;Dels=0.00;FS=1.760;HRun=1;HaplotypeScore=3.8225;MQ=59.69;MQ0=0;MQRankSum=-0.149;QD=14.62;ReadPosRankSum=-0.927;VQSLOD=4.2096;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,55:90:99:1346,0,930
18	21057228	.	C	T	2413.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.990;DP=166;DS;Dels=0.00;FS=3.339;HRun=1;HaplotypeScore=1.9860;MQ=59.86;MQ0=0;MQRankSum=-1.364;QD=14.54;ReadPosRankSum=1.176;VQSLOD=4.9759;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,88:166:99:2444,0,1835
1	207200875	.	G	GT	2597.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.612;DP=129;FS=0.667;HRun=1;HaplotypeScore=302.8926;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-0.250;QD=20.13;ReadPosRankSum=-1.004;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,67:129:99:2636,0,1845
7	100228635	.	T	C	136.51	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.139;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=4;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.488;QD=6.83;ReadPosRankSum=0.054;VQSLOD=5.1262;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,9:20:99:167,0,291
20	47989527	.	C	T	366.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.776;DP=32;Dels=0.00;FS=4.959;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=0.755;QD=11.46;ReadPosRankSum=-0.076;VQSLOD=5.8735;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:17,15:32:99:397,0,525
17	7849130	.	G	A	1451.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.830;DP=173;Dels=0.00;FS=3.018;HRun=0;HaplotypeScore=5.3597;MQ=58.97;MQ0=0;MQRankSum=0.413;QD=8.39;ReadPosRankSum=-0.092;VQSLOD=3.1154;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:113,60:173:99:1482,0,2960
19	35435059	.	G	A	1356.73	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.271;DP=103;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.33;MQ0=0;MQRankSum=1.614;QD=13.17;ReadPosRankSum=-1.152;VQSLOD=4.9312;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,49:103:99:1387,0,1493
18	29101156	.	T	G	1855.86	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.219;DP=135;Dels=0.00;FS=0.677;HRun=1;HaplotypeScore=3.4433;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=1.333;QD=13.75;ReadPosRankSum=0.378;VQSLOD=4.5429;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:61,74:135:99:1886,0,1540
9	101797330	.	C	T	1399.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.631;DP=107;Dels=0.00;FS=6.308;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.041;QD=13.08;ReadPosRankSum=-0.540;VQSLOD=4.8602;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,50:107:99:1429,0,1606
19	45537779	.	C	T	144.15	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.763;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.11;MQ0=0;MQRankSum=0.784;QD=7.21;ReadPosRankSum=-1.031;VQSLOD=4.3802;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,6:20:99:174,0,376
4	139093119	.	A	T	912.30	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.114;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.042;QD=9.71;ReadPosRankSum=1.943;VQSLOD=4.2820;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:52,42:94:99:942,0,1180
1	144994658	.	C	A	2721.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.949;DP=212;DS;Dels=0.00;FS=2.437;HRun=0;HaplotypeScore=3.0908;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=0.861;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.938;VQSLOD=5.6185;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:111,101:212:99:2752,0,2875
8	23004486	.	G	A	1783.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.374;DP=131;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.9962;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=0.014;QD=13.61;ReadPosRankSum=-0.349;VQSLOD=4.8313;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,67:131:99:1814,0,1591
20	40045902	.	C	T	2307.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.798;DP=145;Dels=0.00;FS=1.384;HRun=1;HaplotypeScore=2.3696;MQ=59.84;MQ0=0;MQRankSum=1.371;QD=15.92;ReadPosRankSum=1.399;VQSLOD=4.1349;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,89:145:99:2338,0,1403
2	20974586	.	C	T	2476.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.678;DP=225;Dels=0.00;FS=5.551;HRun=1;HaplotypeScore=7.2651;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=11.01;ReadPosRankSum=-1.258;VQSLOD=4.1284;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:126,99:225:99:2507,0,3125
17	19813277	.	G	T	920.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.969;DP=84;Dels=0.00;FS=0.827;HRun=2;HaplotypeScore=2.4370;MQ=57.71;MQ0=0;MQRankSum=0.255;QD=10.95;ReadPosRankSum=-0.139;VQSLOD=3.5126;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,40:84:99:950,0,1127
8	143816828	.	G	A	446.21	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=14;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;QD=31.87;VQSLOD=12.7290;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,14:14:39.11:479,39,0
1	35227007	.	TTGTC	T	1761.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.737;DP=77;FS=7.782;HRun=0;HaplotypeScore=376.5769;MQ=56.66;MQ0=0;MQRankSum=-0.161;QD=22.87;ReadPosRankSum=1.316;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,36:77:99:1800,0,3017
1	144930940	.	T	C	4474.90	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.669;DP=246;DS;Dels=0.00;FS=0.473;HRun=1;HaplotypeScore=4.8546;MQ=59.30;MQ0=0;MQRankSum=0.453;QD=18.19;ReadPosRankSum=-0.215;VQSLOD=4.3651;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:104,142:246:99:3863,0,2740
17	73753098	.	G	A	993.32	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.002;DP=65;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.112;QD=15.28;ReadPosRankSum=-0.983;VQSLOD=10.5342;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,36:65:99:1023,0,743
20	31607551	.	G	C	376.99	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.884;DP=41;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=0.254;QD=9.19;ReadPosRankSum=-0.200;VQSLOD=6.5559;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:25,16:41:99:407,0,713
2	189861933	.	C	A	1669	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.440;DP=147;Dels=0.00;FS=7.331;HRun=1;HaplotypeScore=0.9993;MQ=59.27;MQ0=0;MQRankSum=0.817;QD=11.35;ReadPosRankSum=1.255;VQSLOD=4.2132;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:77,70:147:99:1699,0,2042
3	119256056	.	T	C	2296.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.961;DP=200;DS;Dels=0.00;FS=5.020;HRun=0;HaplotypeScore=3.8322;MQ=59.51;MQ0=0;MQRankSum=0.820;QD=11.48;ReadPosRankSum=-0.086;VQSLOD=4.6193;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:115,85:200:99:2327,0,3078
11	12316146	.	C	A	1316.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.584;DP=114;Dels=0.00;FS=4.595;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.39;MQ0=0;MQRankSum=0.672;QD=11.55;ReadPosRankSum=0.828;VQSLOD=5.4473;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,52:114:99:1346,0,1887
9	73458045	.	T	TA	177.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.574;DP=31;FS=1.885;HRun=10;HaplotypeScore=74.0345;MQ=58.52;MQ0=1;MQRankSum=0.217;QD=5.54;ReadPosRankSum=-0.465;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,11:31:99:216,0,236
17	80011813	.	C	A	669.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.299;DP=68;Dels=0.00;FS=7.508;HRun=1;HaplotypeScore=3.1930;MQ=58.48;MQ0=0;MQRankSum=0.093;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.430;VQSLOD=3.0750;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,28:68:99:699,0,1212
13	46543092	.	C	T	3161.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.193;DP=225;DS;Dels=0.00;FS=7.424;HRun=0;HaplotypeScore=3.4090;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=1.539;QD=14.05;ReadPosRankSum=0.628;VQSLOD=3.0805;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:111,114:225:99:3192,0,2833
1	94517254	.	C	G	1168.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.769;DP=93;Dels=0.00;FS=2.910;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=2.089;QD=12.56;ReadPosRankSum=-0.394;VQSLOD=5.1981;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,46:93:99:1198,0,1193
17	21319208	.	C	T	1354.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.676;DP=216;DS;Dels=0.00;FS=1.842;HRun=0;HaplotypeScore=6.9732;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=-0.488;QD=6.27;ReadPosRankSum=-0.627;VQSLOD=2.3698;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:151,65:216:99:1384,0,4796
9	138710347	.	C	T	425.08	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.766;DP=31;Dels=0.00;FS=3.407;HRun=0;HaplotypeScore=0.9469;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.258;QD=13.71;ReadPosRankSum=-1.171;VQSLOD=4.6043;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,17:31:99:455,0,368
1	144866643	.	G	A	3041.85	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.878;DP=241;DS;Dels=0.00;FS=0.505;HRun=0;HaplotypeScore=1.8930;MQ=58.70;MQ0=0;MQRankSum=2.374;QD=12.62;ReadPosRankSum=-0.577;VQSLOD=4.9514;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:134,107:241:99:3072,0,3528
17	46939658	.	C	G	947.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.196;DP=101;Dels=0.00;FS=2.661;HRun=0;HaplotypeScore=2.6210;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=-1.956;QD=9.38;ReadPosRankSum=-1.170;VQSLOD=4.4729;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:58,43:101:99:977,0,1657
3	169099171	.	T	G	1033.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.525;DP=85;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9983;MQ=58.29;MQ0=0;MQRankSum=1.507;QD=12.16;ReadPosRankSum=-0.529;VQSLOD=4.3479;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,45:85:99:1064,0,1047
7	72745738	.	C	T	2364.79	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.023;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.0324;MQ=59.20;MQ0=0;MQRankSum=-0.005;QD=14.60;ReadPosRankSum=-0.022;VQSLOD=2.7982;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,86:162:99:2395,0,1837
5	82554375	.	A	G	1320.89	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.544;DP=94;Dels=0.00;FS=0.779;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.36;MQ0=0;MQRankSum=0.688;QD=14.05;ReadPosRankSum=1.038;VQSLOD=4.7029;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,52:94:99:1351,0,1022
12	103872172	.	T	G	669.44	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=26;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.46;MQ0=0;QD=25.75;VQSLOD=7.2037;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,25:26:54.17:702,54,0
X	106016268	.	A	T	2558.76	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=0.663;DP=94;Dels=0.00;FS=3.664;HRun=0;HaplotypeScore=1.7608;MQ=59.75;MQ0=0;MQRankSum=0.700;QD=27.22;ReadPosRankSum=1.437;VQSLOD=3.1283;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,93:94:99:2592,175,0
7	1608812	.	C	G	1580.29	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.409;DP=148;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=9.7438;MQ=58.16;MQ0=0;MQRankSum=2.016;QD=10.68;ReadPosRankSum=0.961;VQSLOD=3.1051;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:84,63:148:99:1610,0,2176
10	47087501	.	C	T	1340.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.672;DP=212;DS;Dels=0.00;FS=1.980;HRun=0;HaplotypeScore=5.2610;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.276;QD=6.32;ReadPosRankSum=0.078;VQSLOD=2.7495;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:155,56:212:99:1370,0,3985
15	63889941	.	A	G	638.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.664;DP=62;Dels=0.00;FS=1.057;HRun=1;HaplotypeScore=0.9159;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.406;QD=10.29;ReadPosRankSum=0.316;VQSLOD=4.4888;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:37,25:62:99:668,0,963
7	82764393	.	C	T	2635.21	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-9.069;DP=196;DS;Dels=0.00;FS=0.537;HRun=0;HaplotypeScore=4.4810;MQ=59.52;MQ0=0;MQRankSum=1.080;QD=13.44;ReadPosRankSum=0.204;VQSLOD=5.1365;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:97,99:196:99:2665,0,2793
1	45795084	.	G	A	2642.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.717;DP=211;Dels=0.00;FS=3.986;HRun=1;HaplotypeScore=5.1087;MQ=58.68;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=12.52;ReadPosRankSum=-0.150;VQSLOD=3.4845;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:113,98:211:99:2673,0,2823
5	1065514	.	A	G	1344.02	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.540;DP=96;Dels=0.00;FS=0.771;HRun=0;HaplotypeScore=3.8640;MQ=56.93;MQ0=0;MQRankSum=1.246;QD=14.00;ReadPosRankSum=-0.114;VQSLOD=3.5289;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,52:96:99:1374,0,1073
3	196807928	.	A	C	741.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.707;DP=55;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.416;QD=13.48;ReadPosRankSum=-1.163;VQSLOD=5.7736;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,31:55:99:771,0,554
9	2718712	.	C	A	1644.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.463;DP=131;Dels=0.00;FS=4.523;HRun=0;HaplotypeScore=3.8287;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=1.442;QD=12.55;ReadPosRankSum=1.123;VQSLOD=3.5735;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,64:131:99:1675,0,1965
X	153174934	.	T	G	801.56	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.49;MQ0=0;QD=29.69;VQSLOD=7.0300;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,27:27:72.19:835,72,0
18	20573556	.	G	A	630.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.119;DP=52;Dels=0.00;FS=2.388;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.375;QD=12.12;ReadPosRankSum=0.833;VQSLOD=5.7752;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,26:52:99:660,0,736
6	41303993	.	C	T	1024.57	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.722;DP=70;Dels=0.00;FS=3.254;HRun=0;HaplotypeScore=4.3000;MQ=59.40;MQ0=0;MQRankSum=-0.546;QD=14.64;ReadPosRankSum=0.182;VQSLOD=4.7869;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:34,36:70:99:1055,0,965
19	2422191	.	G	A	2163.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.306;DP=173;Dels=0.00;FS=2.656;HRun=0;HaplotypeScore=0.9973;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=-0.740;QD=12.50;ReadPosRankSum=1.625;VQSLOD=5.4358;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:91,82:173:99:2193,0,2286
1	14109319	.	G	A	718.95	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.737;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.09;MQ0=0;MQRankSum=-0.273;QD=14.67;ReadPosRankSum=0.515;VQSLOD=4.7500;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,28:49:99:749,0,506
17	9729503	.	G	C	473.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.705;DP=33;Dels=0.00;FS=3.166;HRun=0;HaplotypeScore=1.4105;MQ=59.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.524;QD=14.34;ReadPosRankSum=-1.754;VQSLOD=5.2527;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:15,18:33:99:503,0,424
11	113222885	.	A	T	1710.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.206;DP=165;Dels=0.00;FS=5.792;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.37;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=10.36;ReadPosRankSum=-0.165;VQSLOD=4.4075;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:94,70:165:99:1740,0,2384
12	52579259	.	C	T	1494.74	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.009;DP=112;Dels=0.00;FS=3.842;HRun=0;HaplotypeScore=2.4029;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.322;QD=13.35;ReadPosRankSum=-0.103;VQSLOD=4.3991;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:59,53:112:99:1525,0,1480
12	53586536	.	C	T	1549.62	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.618;DP=139;Dels=0.00;FS=3.090;HRun=0;HaplotypeScore=2.8926;MQ=59.67;MQ0=0;MQRankSum=-0.274;QD=11.15;ReadPosRankSum=-0.699;VQSLOD=5.4099;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,61:139:99:1580,0,2107
11	99690286	.	T	G	1171.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.309;DP=102;Dels=0.00;FS=3.264;HRun=0;HaplotypeScore=8.5785;MQ=58.20;MQ0=0;MQRankSum=-1.362;QD=11.49;ReadPosRankSum=0.091;VQSLOD=2.9178;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,46:102:99:1202,0,1407
4	89625388	.	A	T	2140.76	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.379;DP=162;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.4984;MQ=59.11;MQ0=0;MQRankSum=-0.594;QD=13.21;ReadPosRankSum=2.586;VQSLOD=4.3608;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:85,77:162:99:2171,0,2276
9	32550896	.	G	C	710.23	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.797;DP=52;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.9947;MQ=58.83;MQ0=0;MQRankSum=-0.009;QD=13.66;ReadPosRankSum=-2.260;VQSLOD=4.9973;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,26:52:99:740,0,612
5	137206560	.	A	C	4875.70	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=142;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=3;HaplotypeScore=2.4304;MQ=58.82;MQ0=0;QD=34.34;VQSLOD=9.0800;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,142:142:99:4875,379,0
19	44739712	.	G	C	1150.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.644;DP=88;Dels=0.00;FS=4.132;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.035;QD=13.08;ReadPosRankSum=0.918;VQSLOD=4.3240;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:45,43:88:99:1181,0,1227
14	74060513	.	GCTTA	G	1514.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=8.187;DP=128;FS=1.736;HRun=0;HaplotypeScore=931.0379;MQ=53.58;MQ0=0;MQRankSum=-8.171;QD=11.83;ReadPosRankSum=2.152;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:97,31:128:99:1553,0,7676
3	54925426	.	C	T	749.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.463;DP=77;Dels=0.00;FS=3.017;HRun=0;HaplotypeScore=2.8291;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=1.184;QD=9.74;ReadPosRankSum=1.373;VQSLOD=5.1838;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:44,33:77:99:780,0,1062
5	35709184	.	G	C	5252.76	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=185;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=5.6717;MQ=58.44;MQ0=0;QD=28.39;VQSLOD=6.3335;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,184:185:99:5252,397,0
12	96371731	.	C	T	1510.86	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.621;DP=140;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.4962;MQ=59.21;MQ0=0;MQRankSum=-1.302;QD=10.79;ReadPosRankSum=0.526;VQSLOD=5.2536;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:83,57:140:99:1541,0,2247
1	144865850	.	G	T	2765.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.316;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.472;HRun=2;HaplotypeScore=6.7434;MQ=58.06;MQ0=0;MQRankSum=-2.273;QD=11.06;ReadPosRankSum=-0.073;VQSLOD=2.5012;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:150,100:250:99:2795,0,4662
5	35709095	.	C	T	2699.71	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=94;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=2.3437;MQ=58.46;MQ0=0;MQRankSum=-1.471;QD=28.72;ReadPosRankSum=-0.615;VQSLOD=7.2069;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:1,93:94:99:2733,220,0
6	129722453	.	C	A	2260.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.212;DP=166;Dels=0.00;FS=2.770;HRun=0;HaplotypeScore=1.6208;MQ=58.84;MQ0=0;MQRankSum=0.103;QD=13.62;ReadPosRankSum=2.221;VQSLOD=5.3704;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:79,87:166:99:2290,0,1980
19	19741292	.	C	G	1472.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.144;DP=142;Dels=0.00;FS=0.622;HRun=0;HaplotypeScore=1.9461;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.081;QD=10.37;ReadPosRankSum=-0.308;VQSLOD=4.6845;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,67:142:99:1503,0,1865
7	128494922	.	G	A	1751.72	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.989;DP=134;Dels=0.00;FS=2.189;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.50;MQ0=0;MQRankSum=-1.268;QD=13.07;ReadPosRankSum=1.971;VQSLOD=4.0434;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,67:134:99:1782,0,1687
17	1383868	.	C	T	1818.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.082;DP=195;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9159;MQ=58.89;MQ0=0;MQRankSum=0.163;QD=9.32;ReadPosRankSum=-1.050;VQSLOD=5.5838;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:120,75:195:99:1848,0,2995
1	33236255	.	G	A	401.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.724;DP=39;Dels=0.00;FS=1.293;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.050;QD=10.30;ReadPosRankSum=2.144;VQSLOD=4.5379;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,16:39:99:432,0,630
1	40703244	.	G	A	1464.69	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.401;DP=122;Dels=0.00;FS=1.472;HRun=0;HaplotypeScore=2.9285;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-0.731;QD=12.01;ReadPosRankSum=-0.618;VQSLOD=5.9720;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,58:122:99:1495,0,1694
5	5303424	.	G	A	153.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.790;DP=16;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.5326;MQ=58.55;MQ0=0;MQRankSum=-1.030;QD=9.57;ReadPosRankSum=1.030;VQSLOD=4.6922;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,6:16:99:183,0,265
16	28550174	.	C	T	548.09	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.414;DP=49;Dels=0.00;FS=2.940;HRun=1;HaplotypeScore=0.9997;MQ=59.05;MQ0=0;MQRankSum=1.372;QD=11.19;ReadPosRankSum=-0.270;VQSLOD=4.7567;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:26,23:49:99:578,0,718
16	69377470	.	A	G	2119.38	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.522;DP=196;Dels=0.00;FS=2.476;HRun=0;HaplotypeScore=10.3971;MQ=59.45;MQ0=0;MQRankSum=-0.104;QD=10.81;ReadPosRankSum=-1.187;VQSLOD=3.0851;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:105,91:196:99:2149,0,2532
22	46805772	.	C	T	2336.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.293;DP=162;DS;Dels=0.00;FS=5.971;HRun=0;HaplotypeScore=1.9452;MQ=58.59;MQ0=0;MQRankSum=0.710;QD=14.42;ReadPosRankSum=1.215;VQSLOD=4.7663;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,87:162:99:2366,0,1828
3	53910109	.	T	TG	524.56	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.809;DP=62;FS=1.661;HRun=8;HaplotypeScore=220.3176;MQ=60.74;MQ0=0;MQRankSum=-1.456;QD=8.46;ReadPosRankSum=-0.092;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,20:62:99:564,0,612
7	5540244	.	A	C	866.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.293;DP=60;Dels=0.00;FS=1.219;HRun=0;HaplotypeScore=1.7878;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.222;QD=14.45;ReadPosRankSum=-0.207;VQSLOD=6.4481;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,31:60:99:897,0,778
16	24564879	.	GTA	G	1592.65	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=68;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=227.4274;MQ=58.61;MQ0=0;QD=23.42;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:20,44:68:99:1635,141,0
6	35762937	.	G	A	961.86	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.073;DP=191;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3459;MQ=59.68;MQ0=0;MQRankSum=0.461;QD=5.04;ReadPosRankSum=0.696;VQSLOD=3.9406;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:146,44:191:99:992,0,4049
7	100371479	.	G	C	321.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.601;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.267;QD=14.63;ReadPosRankSum=2.137;VQSLOD=11.0733;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:9,13:22:99:352,0,218
12	122622795	.	A	G	887.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.321;DP=72;Dels=0.00;FS=4.783;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.51;MQ0=0;MQRankSum=1.842;QD=12.33;ReadPosRankSum=0.765;VQSLOD=4.8058;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,32:72:99:918,0,1009
6	39859415	.	A	G	451.79	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.893;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.72;MQ0=0;MQRankSum=1.229;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.844;VQSLOD=4.6778;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,17:44:99:482,0,667
15	90168171	.	C	T	2224.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.667;DP=196;Dels=0.00;FS=1.798;HRun=0;HaplotypeScore=1.9025;MQ=59.79;MQ0=0;MQRankSum=-0.271;QD=11.35;ReadPosRankSum=0.945;VQSLOD=4.8412;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:105,91:196:99:2254,0,2799
15	66735693	.	G	T	608.16	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.035;DP=52;Dels=0.00;FS=7.260;HRun=2;HaplotypeScore=0.9578;MQ=59.64;MQ0=0;MQRankSum=0.571;QD=11.70;ReadPosRankSum=0.368;VQSLOD=3.4847;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:29,23:52:99:638,0,766
1	145109583	.	C	A	4103.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.881;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=2.420;HRun=1;HaplotypeScore=10.3636;MQ=59.17;MQ0=0;MQRankSum=0.748;QD=16.48;ReadPosRankSum=-1.743;VQSLOD=2.6885;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:129,119:249:99:3389,0,3646
19	53959715	.	C	T	2547.60	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.939;DP=201;Dels=0.00;FS=1.736;HRun=0;HaplotypeScore=4.2775;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=1.045;QD=12.67;ReadPosRankSum=-1.989;VQSLOD=3.6329;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:104,97:201:99:2578,0,2938
16	22149688	.	T	C	279.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.047;DP=18;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=2;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.609;QD=15.53;ReadPosRankSum=-0.983;VQSLOD=10.5565;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,12:18:99:310,0,149
1	16892276	.	TG	T	670.93	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.459;DP=42;DS;FS=95.161;HRun=1;HaplotypeScore=398.5461;MQ=13.46;MQ0=154;MQRankSum=-5.006;QD=2.76;ReadPosRankSum=0.101;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:220,23:42:99:710,0,796
4	148560193	.	C	T	888.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.167;DP=86;Dels=0.00;FS=8.836;HRun=0;HaplotypeScore=2.9423;MQ=59.19;MQ0=0;MQRankSum=-1.430;QD=10.33;ReadPosRankSum=-0.323;VQSLOD=4.1117;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,37:86:99:918,0,1318
15	22864369	.	G	A	799.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.695;DP=89;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.16;MQ0=0;MQRankSum=1.134;QD=8.99;ReadPosRankSum=-0.505;VQSLOD=4.9096;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,33:89:99:830,0,1519
19	38572894	.	C	T	1426.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.803;DP=112;Dels=0.00;FS=2.502;HRun=0;HaplotypeScore=1.7753;MQ=59.29;MQ0=0;MQRankSum=1.324;QD=12.73;ReadPosRankSum=-1.888;VQSLOD=5.7093;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,55:112:99:1456,0,1326
21	41455898	.	T	C	1019.46	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.626;DP=102;Dels=0.00;FS=2.669;HRun=1;HaplotypeScore=0.9894;MQ=58.85;MQ0=0;MQRankSum=0.962;QD=9.99;ReadPosRankSum=-1.277;VQSLOD=4.4078;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,44:102:99:1049,0,1328
22	24487739	.	G	A	2016.77	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.062;DP=129;Dels=0.00;FS=2.315;HRun=0;HaplotypeScore=5.6891;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=1.298;QD=15.63;ReadPosRankSum=0.532;VQSLOD=4.0566;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:51,78:129:99:2047,0,1315
7	158672405	.	C	G	248.47	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.064;DP=36;Dels=0.00;FS=7.847;HRun=0;HaplotypeScore=3.4485;MQ=58.71;MQ0=0;MQRankSum=-0.688;QD=6.90;ReadPosRankSum=-0.487;VQSLOD=2.6556;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,12:36:99:278,0,671
17	61497577	.	G	A	310.11	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.759;DP=17;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.6651;MQ=57.39;MQ0=0;MQRankSum=0.754;QD=18.24;ReadPosRankSum=-0.050;VQSLOD=5.5283;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:340,0,113
11	95713077	.	C	T	734.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.445;DP=49;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.62;MQ0=0;MQRankSum=-0.010;QD=14.99;ReadPosRankSum=0.556;VQSLOD=6.5299;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:21,28:49:99:764,0,612
6	45290634	.	G	A	424.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=34;Dels=0.00;FS=1.532;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.90;MQ0=0;MQRankSum=1.397;QD=12.48;ReadPosRankSum=-0.190;VQSLOD=5.5680;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:16,18:34:99:454,0,466
19	3179427	.	G	A	2794.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.393;DP=218;DS;Dels=0.00;FS=1.894;HRun=0;HaplotypeScore=8.8479;MQ=58.35;MQ0=0;MQRankSum=0.839;QD=12.82;ReadPosRankSum=1.730;VQSLOD=2.5443;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:108,108:218:99:2825,0,2997
12	111353547	.	G	T	2640.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.903;DP=239;DS;Dels=0.00;FS=2.903;HRun=2;HaplotypeScore=7.1121;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=-1.215;QD=11.05;ReadPosRankSum=-0.790;VQSLOD=2.4905;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:130,108:239:99:2671,0,3311
14	94088734	.	G	A	1712.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.935;DP=177;Dels=0.00;FS=1.213;HRun=2;HaplotypeScore=9.8165;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=0.167;QD=9.68;ReadPosRankSum=0.566;VQSLOD=2.2986;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:107,70:177:99:1743,0,2858
6	78172750	.	A	C	2374.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.000;DP=150;Dels=0.00;FS=1.348;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.957;QD=15.83;ReadPosRankSum=-2.098;VQSLOD=5.7751;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:71,79:150:99:2404,0,1945
16	74425569	.	C	T	7739.24	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=250;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.7635;MQ=56.84;MQ0=0;QD=30.96;VQSLOD=4.5549;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,250:250:99:7738,611,0
6	38821025	.	C	T	1051.25	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.498;DP=60;Dels=0.00;FS=10.003;HRun=0;HaplotypeScore=0.5784;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=-0.953;QD=17.52;ReadPosRankSum=0.381;VQSLOD=2.2250;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:19,41:60:99:1081,0,494
17	74300534	.	C	T	621.06	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.732;DP=51;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.40;MQ0=0;MQRankSum=1.265;QD=12.18;ReadPosRankSum=2.355;VQSLOD=4.9484;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:27,23:51:99:651,0,686
1	144912233	.	C	T	1374.08	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.633;DP=103;Dels=0.00;FS=1.721;HRun=0;HaplotypeScore=1.6647;MQ=57.75;MQ0=0;MQRankSum=-1.279;QD=13.34;ReadPosRankSum=0.327;VQSLOD=3.7808;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:48,55:103:99:1404,0,1159
11	111637064	.	C	G	634.33	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.619;DP=61;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.9947;MQ=55.70;MQ0=0;MQRankSum=0.667;QD=10.40;ReadPosRankSum=0.857;VQSLOD=4.2263;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,28:61:99:664,0,793
19	15198666	.	T	A	1378.64	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.581;DP=121;Dels=0.00;FS=1.522;HRun=1;HaplotypeScore=7.7737;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=-0.276;QD=11.39;ReadPosRankSum=0.981;VQSLOD=2.9015;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,56:121:99:1409,0,1710
X	48920046	.	C	T	668.89	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=20;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.68;MQ0=0;QD=33.44;VQSLOD=7.3066;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,20:20:57.17:702,57,0
5	118835033	.	C	T	755.45	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.560;DP=67;Dels=0.00;FS=5.207;HRun=1;HaplotypeScore=2.7802;MQ=58.34;MQ0=0;MQRankSum=1.456;QD=11.28;ReadPosRankSum=-1.161;VQSLOD=3.1750;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:33,34:67:99:785,0,909
11	102738793	.	G	GT	1333.76	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=175.1878;MQ=58.55;MQ0=0;QD=41.68;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:96.32:1376,96,0
10	97916272	.	C	T	341.22	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.402;DP=43;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.46;MQ0=0;MQRankSum=-0.166;QD=7.94;ReadPosRankSum=-1.083;VQSLOD=4.1804;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,15:43:99:371,0,818
1	151337690	.	G	C	624.58	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.474;DP=50;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=58.78;MQ0=0;MQRankSum=-0.531;QD=12.49;ReadPosRankSum=0.551;VQSLOD=4.8045;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,26:50:99:655,0,540
7	151800292	.	A	G	1566.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.705;DP=138;Dels=0.00;FS=5.113;HRun=0;HaplotypeScore=1.8313;MQ=59.70;MQ0=0;MQRankSum=-0.701;QD=11.35;ReadPosRankSum=-0.295;VQSLOD=5.0056;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:75,63:138:99:1596,0,1991
15	90610934	.	C	G	141.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.275;DP=22;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.87;MQ0=0;MQRankSum=-1.380;QD=6.45;ReadPosRankSum=1.380;VQSLOD=2.7291;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:14,8:22:99:172,0,468
9	107556793	.	T	TAA	381.55	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=27;FS=0.000;HRun=18;HaplotypeScore=241.3172;MQ=56.40;MQ0=0;QD=13.63;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:16,11:27:46.17:424,46,0
16	2133726	.	C	T	393.47	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.582;DP=25;Dels=0.00;FS=1.685;HRun=0;HaplotypeScore=2.9810;MQ=58.24;MQ0=0;MQRankSum=-1.137;QD=15.74;ReadPosRankSum=-0.028;VQSLOD=4.0917;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:423,0,255
11	102738795	.	G	T	951.02	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=32;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.55;MQ0=0;QD=29.72;VQSLOD=7.9566;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,32:32:75.24:984,75,0
3	436384	.	A	T	272.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.076;DP=43;Dels=0.00;FS=5.159;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=59.57;MQ0=0;MQRankSum=0.621;QD=6.35;ReadPosRankSum=-1.626;VQSLOD=2.6294;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,13:43:99:303,0,761
8	99148791	.	A	G	2401.06	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=7.470;DP=226;Dels=0.00;FS=0.491;HRun=0;HaplotypeScore=8.4417;MQ=59.14;MQ0=0;MQRankSum=1.666;QD=10.62;ReadPosRankSum=0.013;VQSLOD=2.6786;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:130,96:226:99:2431,0,3053
3	131100956	.	C	G	974.77	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.737;DP=97;Dels=0.00;FS=2.800;HRun=0;HaplotypeScore=2.3609;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.008;QD=10.05;ReadPosRankSum=0.518;VQSLOD=4.7853;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:53,43:97:99:1005,0,1411
1	27332521	.	C	T	952.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.761;DP=71;Dels=0.00;FS=5.836;HRun=0;HaplotypeScore=4.6523;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.172;QD=13.41;ReadPosRankSum=-0.489;VQSLOD=3.0529;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:28,42:71:99:982,0,740
15	92690379	.	A	G	1703.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.264;DP=185;Dels=0.00;FS=8.961;HRun=0;HaplotypeScore=0.8941;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=-1.323;QD=9.21;ReadPosRankSum=0.864;VQSLOD=2.1952;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:112,73:185:99:1733,0,3175
1	21042033	.	T	C	1921.13	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.303;DP=137;Dels=0.00;FS=0.640;HRun=1;HaplotypeScore=3.8587;MQ=59.18;MQ0=0;MQRankSum=1.291;QD=14.02;ReadPosRankSum=-0.694;VQSLOD=5.3310;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:66,71:137:99:1951,0,1846
1	144915623	.	AG	A	1674.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.022;DP=220;DS;FS=4.632;HRun=1;HaplotypeScore=773.8255;MQ=48.87;MQ0=5;MQRankSum=-4.148;QD=7.34;ReadPosRankSum=-0.153;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:166,62:220:99:1713,0,5529
6	109768568	.	G	T	670.53	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.798;DP=67;Dels=0.00;FS=1.005;HRun=2;HaplotypeScore=2.6921;MQ=59.44;MQ0=0;MQRankSum=-0.753;QD=10.01;ReadPosRankSum=0.933;VQSLOD=5.9126;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,26:67:99:701,0,1108
5	159835658	.	A	G	1795.50	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=67;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9578;MQ=56.73;MQ0=0;QD=26.80;VQSLOD=5.6320;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,67:67:99:1829,141,0
6	57393125	.	A	G	326.98	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=13;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=56.34;MQ0=0;QD=25.15;VQSLOD=6.7718;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,13:13:27.06:360,27,0
3	156413682	.	A	C	724.85	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.811;DP=60;Dels=0.00;FS=1.028;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.31;MQ0=0;MQRankSum=0.651;QD=12.08;ReadPosRankSum=-0.104;VQSLOD=3.2027;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,29:60:99:755,0,799
7	100610069	.	C	T	2175.63	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.972;DP=186;Dels=0.00;FS=5.226;HRun=0;HaplotypeScore=6.4448;MQ=59.00;MQ0=0;MQRankSum=0.807;QD=11.70;ReadPosRankSum=-0.001;VQSLOD=4.1899;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:101,84:186:99:2206,0,2576
4	8583046	.	C	T	306.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.251;DP=17;Dels=0.00;FS=2.187;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.251;QD=18.04;ReadPosRankSum=0.653;VQSLOD=4.2540;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,11:17:99:337,0,120
11	6816872	.	G	T	1871.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.417;DP=148;Dels=0.00;FS=6.081;HRun=1;HaplotypeScore=5.8704;MQ=58.60;MQ0=0;MQRankSum=1.812;QD=12.64;ReadPosRankSum=0.405;VQSLOD=2.8954;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,71:148:99:1901,0,2151
2	189940142	.	T	G	1363.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=6.258;DP=108;Dels=0.00;FS=7.445;HRun=0;HaplotypeScore=2.7627;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=0.396;QD=12.63;ReadPosRankSum=2.651;VQSLOD=3.3219;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:54,54:108:99:1394,0,1169
13	111082772	.	G	T	402.50	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.697;DP=57;Dels=0.00;FS=1.052;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.01;MQ0=0;MQRankSum=0.538;QD=7.06;ReadPosRankSum=1.216;VQSLOD=4.7264;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:36,21:57:99:432,0,975
12	15776164	.	A	C	774.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.856;DP=89;Dels=0.00;FS=1.847;HRun=1;HaplotypeScore=4.7184;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.013;QD=8.70;ReadPosRankSum=0.724;VQSLOD=5.3505;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:56,33:89:99:804,0,1450
1	144886197	.	A	T	4089.37	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.362;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.3850;MQ=59.31;MQ0=0;MQRankSum=1.102;QD=16.42;ReadPosRankSum=-0.623;VQSLOD=4.2501;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:118,129:249:99:3456,0,3124
2	224462310	.	G	A	1228.52	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.054;DP=86;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=3.9654;MQ=58.91;MQ0=0;MQRankSum=0.220;QD=14.29;ReadPosRankSum=-0.272;VQSLOD=5.8166;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:42,44:86:99:1259,0,1033
6	132891675	.	C	T	2000.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.641;DP=205;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.6312;MQ=59.08;MQ0=0;MQRankSum=-0.344;QD=9.76;ReadPosRankSum=-0.024;VQSLOD=4.3831;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:120,85:205:99:2030,0,3547
6	29523676	.	C	G	3390.71	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=108;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=57.61;MQ0=0;QD=31.40;VQSLOD=7.7382;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,108:108:99:3390,262,0
7	100731638	.	C	T	157.49	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.943;DP=16;Dels=0.00;FS=5.021;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-1.943;QD=9.84;ReadPosRankSum=0.473;VQSLOD=4.4949;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:8,8:16:99:187,0,232
14	20666175	.	C	CA	4546.78	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=133;FS=0.000;HRun=6;HaplotypeScore=273.0452;MQ=60.55;MQ0=0;QD=34.19;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:10,121:133:99:4547,370,0
15	22853786	.	C	T	162.76	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.130;DP=40;Dels=0.00;FS=3.223;HRun=0;HaplotypeScore=0.6651;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=0.939;QD=4.07;ReadPosRankSum=-0.648;VQSLOD=2.4292;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:31,9:40:99:193,0,882
X	106221389	.	T	C	2087.17	Mask	AC=2;AF=1.00;AN=2;DP=69;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.3639;MQ=59.12;MQ0=0;QD=30.25;VQSLOD=8.0665;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	1/1:0,69:69:99:2120,163,0
12	48538908	.	G	A	1453.91	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.521;DP=116;Dels=0.00;FS=1.510;HRun=0;HaplotypeScore=3.5996;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=-2.217;QD=12.53;ReadPosRankSum=-0.216;VQSLOD=4.5959;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,52:116:99:1484,0,1667
20	18297336	.	G	A	1709.17	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.570;DP=143;Dels=0.00;FS=8.064;HRun=0;HaplotypeScore=8.9460;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.044;QD=11.95;ReadPosRankSum=0.777;VQSLOD=2.3877;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:70,71:143:99:1739,0,1760
1	226055624	.	C	T	1221.94	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.834;DP=119;Dels=0.00;FS=0.698;HRun=0;HaplotypeScore=2.8448;MQ=59.42;MQ0=0;MQRankSum=-1.027;QD=10.27;ReadPosRankSum=0.397;VQSLOD=5.4037;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:67,52:119:99:1252,0,1905
18	64172434	.	C	G	1741.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.185;DP=161;Dels=0.00;FS=7.236;HRun=0;HaplotypeScore=6.0966;MQ=57.58;MQ0=0;MQRankSum=0.907;QD=10.82;ReadPosRankSum=0.029;VQSLOD=3.2381;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:90,71:161:99:1772,0,2351
1	67450431	.	A	G	1260.61	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.529;DP=104;Dels=0.00;FS=1.621;HRun=1;HaplotypeScore=6.7777;MQ=59.38;MQ0=0;MQRankSum=0.144;QD=12.12;ReadPosRankSum=-1.450;VQSLOD=4.3072;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:57,47:104:99:1291,0,1675
2	27799773	.	A	C	624.67	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.410;DP=50;Dels=0.00;FS=2.463;HRun=0;HaplotypeScore=2.6766;MQ=59.07;MQ0=0;MQRankSum=0.750;QD=12.49;ReadPosRankSum=-1.690;VQSLOD=5.3286;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,26:50:99:655,0,676
1	144931392	.	G	A	3025.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.574;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.983;HRun=0;HaplotypeScore=0.9996;MQ=59.59;MQ0=0;MQRankSum=0.745;QD=12.15;ReadPosRankSum=0.133;VQSLOD=6.1051;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:136,112:249:99:3055,0,3697
1	46032307	.	G	A	2067.27	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.477;DP=189;Dels=0.00;FS=3.365;HRun=0;HaplotypeScore=1.8924;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=-1.568;QD=10.94;ReadPosRankSum=1.126;VQSLOD=5.2333;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:107,82:189:99:2097,0,2749
6	29640951	.	T	C	1160.40	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.203;DP=125;Dels=0.00;FS=6.397;HRun=2;HaplotypeScore=0.9332;MQ=59.26;MQ0=0;MQRankSum=0.416;QD=9.28;ReadPosRankSum=-0.608;VQSLOD=4.4569;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:80,45:125:99:1190,0,2311
5	66460390	.	G	A	2343.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.429;DP=163;Dels=0.00;FS=2.790;HRun=0;HaplotypeScore=4.9232;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.693;QD=14.38;ReadPosRankSum=-1.341;VQSLOD=5.1954;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,86:163:99:2374,0,2016
2	188348943	.	G	A	253.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.259;DP=31;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.64;MQ0=0;MQRankSum=1.424;QD=8.19;ReadPosRankSum=-0.186;VQSLOD=4.2681;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,11:31:99:284,0,526
5	111500816	.	C	CTAAAA	402.15	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-4.064;DP=54;FS=3.704;HRun=0;HaplotypeScore=227.5483;MQ=53.91;MQ0=0;MQRankSum=-3.133;QD=7.45;ReadPosRankSum=-0.448;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:46,7:54:99:441,0,1617
21	45217936	.	C	T	962.92	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.903;DP=57;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=59.60;MQ0=0;MQRankSum=0.040;QD=16.89;ReadPosRankSum=-0.606;VQSLOD=5.2037;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:24,33:57:99:993,0,573
15	56923895	.	C	A	1915.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-7.710;DP=152;Dels=0.00;FS=0.636;HRun=0;HaplotypeScore=2.3017;MQ=59.54;MQ0=0;MQRankSum=-0.643;QD=12.60;ReadPosRankSum=1.105;VQSLOD=5.6705;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:80,72:152:99:1945,0,2146
14	45636328	.	A	G	1499.31	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.191;DP=87;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=1.7791;MQ=59.23;MQ0=0;MQRankSum=0.145;QD=17.23;ReadPosRankSum=-1.281;VQSLOD=5.5878;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,55:87:99:1529,0,832
14	94088266	.	G	A	2176.24	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.554;DP=157;Dels=0.00;FS=5.878;HRun=1;HaplotypeScore=6.9601;MQ=59.32;MQ0=0;MQRankSum=0.151;QD=13.86;ReadPosRankSum=0.874;VQSLOD=3.9750;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:78,78:157:99:2206,0,2040
11	76506691	.	G	A	1083.01	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=1.338;DP=72;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=5.2367;MQ=58.13;MQ0=0;MQRankSum=-0.430;QD=15.04;ReadPosRankSum=-1.108;VQSLOD=2.9239;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:32,40:72:99:1113,0,788
3	100074068	.	C	T	775.54	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-6.260;DP=84;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=2.8284;MQ=58.30;MQ0=0;MQRankSum=-0.045;QD=9.23;ReadPosRankSum=0.290;VQSLOD=3.9856;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,35:84:99:806,0,1279
19	58948579	.	T	C	997.55	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=5.121;DP=80;Dels=0.00;FS=1.992;HRun=0;HaplotypeScore=2.8278;MQ=59.53;MQ0=0;MQRankSum=2.098;QD=12.47;ReadPosRankSum=-1.656;VQSLOD=3.8073;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:41,39:80:99:1028,0,1047
6	48036327	.	A	C	119.44	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.742;DP=10;Dels=0.00;FS=7.782;HRun=2;HaplotypeScore=0.9665;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.742;QD=11.94;ReadPosRankSum=-0.742;VQSLOD=2.9307;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:2,8:10:20.53:149,0,21
20	35509130	.	T	G	1822.86	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.281;DP=142;Dels=0.00;FS=0.628;HRun=0;HaplotypeScore=3.7415;MQ=58.96;MQ0=0;MQRankSum=0.126;QD=12.84;ReadPosRankSum=0.379;VQSLOD=6.0379;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:63,79:142:99:1853,0,1643
14	104618742	.	C	G	44.05	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.580;DP=10;Dels=0.00;FS=3.010;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.546;QD=4.41;ReadPosRankSum=1.214;VQSLOD=3.0980;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:7,3:10:74.04:74,0,211
19	651684	.	C	T	88.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.731;DP=10;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.9947;MQ=57.66;MQ0=0;MQRankSum=0.731;QD=8.88;ReadPosRankSum=-0.731;VQSLOD=5.1756;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:1,4:10:13.61:119,0,14
9	136277979	.	G	A	1823.71	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.531;DP=117;Dels=0.00;FS=2.440;HRun=0;HaplotypeScore=5.3801;MQ=59.47;MQ0=0;MQRankSum=1.204;QD=15.59;ReadPosRankSum=0.981;VQSLOD=3.2030;culprit=HaplotypeScore;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,70:117:99:1854,0,1227
4	106604164	.	C	A	2433.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-8.653;DP=218;Dels=0.00;FS=1.061;HRun=0;HaplotypeScore=3.5356;MQ=58.02;MQ0=0;MQRankSum=0.973;QD=11.16;ReadPosRankSum=-0.478;VQSLOD=4.7051;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:122,95:218:99:2464,0,3258
1	145109661	.	G	A	1083.78	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.587;DP=249;DS;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=3.3452;MQ=59.25;MQ0=0;MQRankSum=0.619;QD=4.35;ReadPosRankSum=-0.363;VQSLOD=3.6835;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:196,53:249:99:1114,0,5654
17	26696680	.	T	A	969.62	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.521;DP=57;Dels=0.00;FS=1.053;HRun=0;HaplotypeScore=0.9894;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.106;QD=17.01;ReadPosRankSum=-1.472;VQSLOD=5.1315;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,34:57:99:1000,0,644
2	65541063	.	C	G	1814.10	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-5.757;DP=150;Dels=0.00;FS=7.257;HRun=0;HaplotypeScore=7.2492;MQ=59.85;MQ0=0;MQRankSum=0.821;QD=12.09;ReadPosRankSum=-0.656;VQSLOD=2.7231;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:76,74:150:99:1844,0,2224
19	12786449	.	G	A	394.59	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.234;DP=37;Dels=0.00;FS=16.301;HRun=1;HaplotypeScore=0.0000;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=-0.198;QD=10.66;ReadPosRankSum=-1.021;VQSLOD=2.8255;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:20,17:37:99:425,0,635
12	53702252	.	TCAGA	T	5469.34	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=11.918;DP=245;DS;FS=2.232;HRun=0;HaplotypeScore=1143.7843;MQ=57.97;MQ0=0;MQRankSum=-1.857;QD=22.32;ReadPosRankSum=1.289;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:134,111:245:99:5469,0,9080
17	38122680	.	G	T	1007.12	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.922;DP=90;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=1;HaplotypeScore=1.9657;MQ=58.69;MQ0=0;MQRankSum=1.156;QD=11.19;ReadPosRankSum=0.766;VQSLOD=6.3253;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:49,41:90:99:1037,0,1290
15	42278168	.	C	T	349.70	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.300;DP=25;Dels=0.00;FS=6.402;HRun=1;HaplotypeScore=0.9332;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=0.361;QD=13.99;ReadPosRankSum=-0.804;VQSLOD=4.6280;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:10,15:25:99:380,0,246
4	120422407	.	T	G	789.84	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=4.215;DP=67;Dels=0.00;FS=3.576;HRun=0;HaplotypeScore=0.8667;MQ=58.39;MQ0=0;MQRankSum=1.187;QD=11.79;ReadPosRankSum=-0.263;VQSLOD=3.9934;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:35,32:67:99:820,0,856
6	28254862	.	G	C	1062.73	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.089;DP=78;Dels=0.00;FS=0.991;HRun=0;HaplotypeScore=1.9931;MQ=58.92;MQ0=0;MQRankSum=0.310;QD=13.62;ReadPosRankSum=1.789;VQSLOD=5.4162;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:39,39:78:99:1093,0,1033
15	78466037	.	C	G	1263.48	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.405;DP=119;Dels=0.00;FS=0.694;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.93;MQ0=0;MQRankSum=0.332;QD=10.62;ReadPosRankSum=-0.138;VQSLOD=4.7066;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:70,49:119:99:1293,0,1806
19	11097098	.	C	T	99.32	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.047;DP=12;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=58.43;MQ0=0;MQRankSum=-0.259;QD=8.28;ReadPosRankSum=-1.718;VQSLOD=4.1687;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:6,6:12:99:129,0,171
3	113115543	.	C	G	526.04	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=2.382;DP=44;Dels=0.00;FS=0.000;HRun=0;HaplotypeScore=0.0000;MQ=59.15;MQ0=0;MQRankSum=-1.608;QD=11.96;ReadPosRankSum=-0.200;VQSLOD=5.7951;culprit=MQRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:22,22:44:99:556,0,545
11	60183132	.	G	C	549.60	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.450;DP=51;Dels=0.00;FS=3.896;HRun=0;HaplotypeScore=4.9112;MQ=57.50;MQ0=0;MQRankSum=-0.067;QD=10.78;ReadPosRankSum=0.718;VQSLOD=2.7443;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:30,21:51:99:580,0,758
9	112687354	.	C	T	1371.83	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=3.240;DP=117;Dels=0.00;FS=4.487;HRun=0;HaplotypeScore=0.8321;MQ=58.95;MQ0=0;MQRankSum=0.874;QD=11.73;ReadPosRankSum=2.278;VQSLOD=3.6009;culprit=ReadPosRankSum;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:62,55:117:99:1402,0,1493
8	8235578	.	C	T	543.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=0.199;DP=62;Dels=0.00;FS=6.601;HRun=1;HaplotypeScore=1.4450;MQ=60.00;MQ0=0;MQRankSum=1.405;QD=8.76;ReadPosRankSum=0.066;VQSLOD=2.8036;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:40,22:62:99:573,0,1140
10	46998894	.	G	A	605.39	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-0.972;DP=97;Dels=0.00;FS=3.068;HRun=0;HaplotypeScore=2.5105;MQ=59.28;MQ0=0;MQRankSum=-0.295;QD=6.24;ReadPosRankSum=0.532;VQSLOD=4.3524;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:64,32:97:99:635,0,1655
2	187702100	.	G	T	815.97	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-1.978;DP=83;Dels=0.00;FS=0.843;HRun=1;HaplotypeScore=3.3826;MQ=57.51;MQ0=0;MQRankSum=-0.966;QD=9.83;ReadPosRankSum=0.384;VQSLOD=3.6109;culprit=QD;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:47,35:83:99:846,0,1325
10	46965887	.	T	TG	69.87	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-2.559;DP=28;FS=8.846;HRun=7;HaplotypeScore=72.0129;MQ=57.48;MQ0=0;MQRankSum=1.493;QD=2.50;ReadPosRankSum=-0.284;set=variant2	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:23,5:28:99:109,0,478
5	160042903	.	G	T	2261.14	Mask	AC=1;AF=0.50;AN=2;BaseQRankSum=-3.388;DP=178;Dels=0.00;FS=3.815;HRun=2;HaplotypeScore=0.9987;MQ=59.35;MQ0=0;MQRankSum=0.336;QD=12.70;ReadPosRankSum=-0.104;VQSLOD=5.8992;culprit=FS;set=variant	GT:AD:DP:GQ:PL	0/1:86,92:178:99:2291,0,2341
